Linux 下解压命令

【转载自eoiioe博客】

.tar

解包：tar xvf FileName.tar

打包：tar cvf FileName.tar DirName

（注：tar是打包，不是压缩！）

======================

.gz

解压1：gunzip FileName.gz

解压2：gzip -d FileName.gz

压缩：gzip FileName

=========================

.tar.gz 和 .tgz

解压：tar zxvf FileName.tar.gz

压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName

==========================

.bz2

解压1：bzip2 -d FileName.bz2

解压2：bunzip2 FileName.bz2

压缩： bzip2 -z FileName

=============================

.tar.bz2

解压：tar jxvf FileName.tar.bz2

压缩：tar jcvf FileName.tar.bz2 DirName

===============================

.bz

解压1：bzip2 -d FileName.bz

解压2：bunzip2 FileName.bz

压缩：未知

=================================

.tar.bz

解压：tar jxvf FileName.tar.bz

压缩：未知

==================================

.Z

解压：uncompress FileName.Z

压缩：compress FileName

==================================

.tar.Z

解压：tar Zxvf FileName.tar.Z

压缩：tar Zcvf FileName.tar.Z DirName

===================================

.zip

解压：unzip FileName.zip

压缩：zip FileName.zip DirName

===================================

.rar

解压：rar x FileName.rar

压缩：rar a FileName.rar DirName

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.lha

解压：lha -e FileName.lha

压缩：lha -a FileName.lha FileName

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.rpm

解包：rpm2cpio FileName.rpm | cpio –div

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.deb

解包：ar p FileName.deb data.tar.gz | tar zxf –

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.tar .tgz .tar.gz .tar.Z .tar.bz .tar.bz2 .zip .cpio .rpm .deb .slp .arj .rar .ace .lha .lzh .lzx .lzs .arc .sda .sfx .lnx .zoo .cab .kar .cpt .pit .sit .sea

解压：sEx x FileName.*

压缩：sEx a FileName.* FileName

sEx只是调用相关程序, 本身并无压缩、解压功能, 请注意！

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gzip 命令

减少文件大小有两个明显的好处, 一是可以减少存储空间, 二是通过网络传输文件时，可以减少传输的时间. gzip是在Linux系统中经常使用的一个对文件进行压缩和解压缩的命令，既方便又好用。

语法：gzip [选项] 压缩（解压缩）的文件名该命令的各选项含义如下:

-c 将输出写到标准输出上，并保留原有文件。-d 将压缩文件解压。-l 对每个压缩文件，显示下列字段： 压缩文件的大小；未压缩文件的大小；压缩比；未压缩文件的名字-r 递归式地查找指定目录并压缩其中的所有文件或者是解压缩。-t 测试，检查压缩文件是否完整。-v 对每一个压缩和解压的文件，显示文件名和压缩比。-num 用指定的数字 num 调整压缩的速度，-1 或 –fast 表示最快压缩方法（低压缩比），-9 或–best表示最慢压缩方法（高压缩比）。系统缺省值为 6。指令实例：

gzip *% 把当前目录下的每个文件压缩成 .gz 文件。gzip -dv *% 把当前目录下每个压缩的文件解压，并列出详细的信息。gzip -l *% 详细显示例1中每个压缩的文件的信息，并不解压。gzip usr.tar% 压缩 tar 备份文件 usr.tar，此时压缩文件的扩展名为.tar.gz。

Run a cluster job with graphical interface

Recently I need to run some jobs but with graphical interface. In short, you need a X-server under Windows if you have not  got any. Or you may need to ass the –X behind ssh, like “ssh –X host”

 

1. Windows:

source from http://www.zw1840.com/blog/zw1840/2008/10/putty-xming-linux-gui.html

1.1 install Xming

download Xming and Xming-fonts from http://sourceforge.net/projects/xming/

After the install finished, run XLaunch to configure Xming X server. Good to use the default setting

Display 代表一套 I/O 设备，包括显示、鼠标、键盘；Display Number 就是这套 I/O 设备的代号；同时 Display Number 还决定了 Xming X server 的 TCP 端口，端口号为 6000 + Display Number。Linux 主机上的应用程序通过此端口建立与 Xming X server 的连接。

*important: Remember this DISPLAY NUMBER, and later we will use that.

Save the configuration into .xlaunch file. Double click this .xlaunch file would start the Xserver service. You may find the Xming icon on the task bar.

1.2. Config your Putty

Fill the host you want to connect to. Connection type: ssh

[Optional] Fill in your auto-login username. If not, it will promote the username when you try to connect.

Check “Enable X11 forwarding”, and fill in the X display location with localhost:Display_number. the display number would be the number you setup in Xming as described above. By default, it should be “localhost:0”

[Ignore this if you want to set up again each time when you connect to the host] You may save you Putty setting by going back to the session part. Input a name under the “Saved Sessions”and click save. Next time, click the saved setting, and then load. Enjoy…

 

 

2. Linux

Under Linux, you may need some parameter behind ssh to enable the X-server/Xorg-like display service when you ssh to the host. For me, under linux workstation (CentOS 6.4), just one simple command: “ssh –X host.address”.

Hope this would be helpful.

Cell:转座子“跳跃”过程调控机制

[转载自生物谷]

“跳跃基因”的正式名称应该为转座子或转座元件，是一段能够插入到基因组新位置的DNA片段。人类基因组包含了大量古老的跳跃基因的垃圾片段，由于细胞要抑制跳跃基因的胡作非为，细胞进化出了针对转座子的调控机制。近期发表在Cell杂志上的文章揭示了调控跳跃基因的新机制。

大多数跳跃基因都会产生突变并不再”跳跃”，但是有一个基因例外–L1基因。该基因成功的复制自己，占据了人类DNA的20%。尽管很多拷贝发生突变，还是有很多拷贝处于活跃状态，这引起了遗传学家的兴趣。

Lixin Dai博士称人类细胞进化出限制跳跃基因活性的机制，因为它们越活跃就越容易破坏重要的基因，造成严重影响。Dai博士领导研究团队研究了L1的调控机制，发现两种类型的L1蛋白与RNA形成核糖核蛋白复合物，L1就是依靠该复合物进行”跳跃”。

为了进一步研究跳跃基因的调控机制，科学家分析了与该核糖核蛋白相互作用的蛋白，发现有37个蛋白与核糖核蛋白相互作用，于是科学家选择了两个蛋白进行进一步的研究。一个是UPF1，与质量控制有关，该蛋白监控RNA，会销毁发生错误的RNA。Dai博士称，当抑制UPF1功能的时候细胞会产生更多的L1的RNA和蛋白质。

另一个蛋白是PCNA，该蛋白帮助DNA复制。科学家发现PCNA能够与核糖核蛋白复合物中L1蛋白的一段重要序列结合，当科学家改变该结合序列后，L1不再”跳跃”。 Dai博士称，UPF1的作用是抑制L1活性，而PCNA看起来更像是协助L1进行跳跃。

Dai博士称我们的研究揭示了跳跃基因和细胞之间的博弈，表明细胞如何抑制跳跃基因的活性。我们将继续研究跳跃基因和细胞之间的”军备竞赛”。

doi: 10.1016/j.cell.2013.10.021

Affinity Proteomics Reveals Human Host Factors Implicated in Discrete Stages of LINE-1 Retrotransposition

Martin S. Taylor, John LaCava, Paolo Mita, Kelly R. Molloy, Cheng Ran Lisa Huang, Donghui Li, Emily M. Adney, Hua Jiang, Kathleen H. Burns, Brian T. Chait, Michael P. Rout, Jef D. Boeke, Lixin Dai.

LINE-1s are active human DNA parasites that are agents of genome dynamics in evolution and disease. These streamlined elements require host factors to complete their life cycles, whereas hosts have developed mechanisms to combat retrotransposition’s mutagenic effects. As such, endogenous L1 expression levels are extremely low, creating a roadblock for detailed interactomic analyses. Here, we describe a system to express and purify highly active L1 RNP complexes from human suspension cell culture and characterize the copurified proteome, identifying 37 high-confidence candidate interactors. These data sets include known interactors PABPC1 and MOV10 and, with in-cell imaging studies, suggest existence of at least three types of compositionally and functionally distinct L1 RNPs. Among the findings, UPF1, a key nonsense-mediated decay factor, and PCNA, the polymerase-delta-associated sliding DNA clamp, were identified and validated. PCNA interacts with ORF2p via a PIP box motif; mechanistic studies suggest that this occurs during or immediately after target-primed reverse transcription.

截止2013年10月已发表动物基因组信息收录

中文名	拉丁名	发表时间	刊物	科、属	基因组大小
秀丽隐杆线虫	Caenorhabditis elegans	1998.12	Science	小杆总科、Caenorhabditis亚属	97M
黑腹果蝇	Drosophila melanogaster	2000.03	Science	果蝇科、果蝇属	180M
冈比亚按蚊	Anopheles gambiae	2002.10	Science	蚊科、按蚊属	280M
小家鼠	Mus musculus	2002.12	Nature	鼠科	2.5 G
红鳍东方豚	Fugu rubripes	2002.12	Science	鲀科、东方鲀属	380M
玻璃海鞘	Ciona intestinalis	2002.12	Science	海鞘纲	150M
线虫	Caenorhabditis briggsae	2003.11	PLoS Biology	Caenorhabditis亚属	104M
大鼠	Rattus norvegicus	2004.04	Nature	啮齿目、鼠科	2.75 G
黑斑鲀	Tetraodon nigroviridis	2004.10	Nature	鲀科	340M
家蚕	Bombyx mori	2004.12	Science	鳞翅目、蚕蛾科	428.7 M
鸡	Gallus sonneratii	2004.12	Nature	雉科、原鸡属	1.06G
拟暗果蝇	Drosophila pseudoobscura	2005.01	Genome research	果蝇科、果蝇属	139M
克氏锥虫	Trypanosoma cruzi	2005.07	Science	锥虫属	67M
黑猩猩	Pan troglodytes	2005.09	Nature	猩猩科、黑猩猩属	2.7G
狗	Canis familiaris	2005.12	Nature	犬科、犬属	2.5 G
意蜂	Apis mellifera	2006.10	Nature	昆虫纲	236M
海胆	Strongylocentrotus purpuratus	2006.11	Science	海胆纲	1G
姥鲨	Callorhinchus milii	2007.04	Plos Biology	软骨鱼纲、银鲛目	0.91G
猕猴	Macaca mulatta	2007.04	Science	猴科、猕猴属	2.87G
短尾负鼠	Monodelphis domestica	2007.05	Nature	负鼠科、短尾负鼠属	3.4G
青鳉鱼	Oryzias latipes	2007.06	Nature	青鳉属	700M
伊蚊	Aedes aegypti	2007.06	Science	蚊科、伊蚊属	1376M
马来线虫	Brugia malayi	2007.07	Science	线虫纲	90M
海葵	Nematostella vectensis	2007.07	Science	海葵目	357M
12种果蝇基因组进化分析(10种新)	D.sechellia,D.simulans	2007.11	Nature	果蝇科、果蝇属
猫	Felis catus	2007.11	Genome Research	猫科、猫属	2.7G
赤拟谷盗	Tribolium castaneum	2008.04	Nature	鞘翅目、拟步行虫科、拟谷盗属	204M
鸭嘴兽	Ornithorhynchus anatinus	2008.05	Nature	鸭嘴兽科、鸭嘴兽属	1.84G
文昌鱼	Branchiostoma floridae	2008.06	Nature	文昌鱼科、文昌鱼属	520M
丝盘虫	Trichoplax adhaerens	2008.08	Nature	丝盘虫科、丝盘虫属	104M
根结线虫	Meloidogyne incognita	2008.08	Nature Biotechnology	线虫属	86M
古猛犸象	Mammuthus primigenius	2008.11	Nature	象科、猛犸象属	4.7G
牛	Bos taurus	2009.04	Science	牛科、牛属	2.87 G
裂吸虫	Schistosoma mansoni	2009.07	Nature	血吸虫属	360M
血吸虫	Schistosoma japonicum	2009.07	Nature	血吸虫属	397M
马	Equus caballus	2009.11	Science	马科、马属	2.7G
熊猫	Ailuropoda melanoleura	2010.01	Nature	熊科、大熊猫属	2.25G
金小蜂	Nasonia vitripennis, N. giraulti, N. longicornis	2010.01	Science	膜翅目、金小蜂科	295M
豌豆蚜虫	Acyrthosiphon pisum.	2010.02	PLoS Biology		517M
水螅	Hydra	2010.03	Nature	水螅科、水螅属	1.05G
非洲爪蟾	Xenopus tropicalis	2010.04	Science	负子蟾科、非洲爪蟾属	1.7 G
珍珠鸟	Taeniopygia guttata	2010.04	Nature	文鸟科、梅花雀属	1.2G
人类体虱	Pediculus humanus humanus	2010.07	PNAS	人虱属	110M
海绵	Amphimedon queenslandica	2010.08	Nature	多空动物门	190M
蚂蚁	Camponotus floridanus ,Harpegnathos saltator	2010.08	Science	蚁科	C. floridanus240 Mb; H. saltator330 Mb
火鸡	Meleagris gallopavo	2010.09	PLoS Biology	吐绶鸡科、吐绶鸡属	1.1 Gb
库蚊	Culex quinquefasciatus	2010.10	Nature	蚊科、库蚊属	540M
异体住囊虫	Oikopleura	2010.11	Science	脊索动物门、被囊动物亚门	148M
红毛猩猩	Pongo abelii 、Pongo pygmaeus	2011.01	Nature	猩猩科	3.09G
阿根廷蚁	Linepithema humile	2011.01	PNAS	蚁科	250.8M
红色收割蚁	Pogonomyrmex barbatus	2011.01	PNAS	蚁科	250–284 M
火蚁	Solenopsis invicta	2011.01	PNAS	蚁科	484.2M
水蚤	Daphnia pulex	2011.02	Science	甲壳纲，鳃足亚纲，水蚤科	200M
大头切叶蚁	Atta cephalotes	2011.02	PLoS Genetics	蚁科	300M
旋毛虫	Trichinella spiralis	2011.02	Nature Genetics	毛形科、毛形属	64M
袋獾	Sarcophilus harrisii	2011.06	PNAS	袋獾属	3.3G
顶切叶蚁	Acromyrmex echinatior	2011.06	Genome Research	顶切叶蚁属	313M
鹿角珊瑚	Acropora digitifera	2011.07	Nature	珊瑚虫纲	420M
巨蟒	Python molurus bivittatus	2011.07	Genome Biology	爬行纲	1.4G
大西洋鳕鱼	Gadus morhua	2011.08	Nature	鳕形目、鳕属	830M
澳大利亚袋鼠	Macropus eugenii	2011.08	Genome Biology	有袋目、袋鼠科	2.9G
绿蜥蜴	Anolis carolinensis	2011.09	Nature	爬行纲、有鳞目	1.78G
裸鼹鼠	Heterocephalus glaber	2011.10	Nature	啮齿目\裸鼹鼠属	2.6G
食蟹猴和中国恒河猴	Macaca fascicularis,Macaca mulatta lasiota	2011.10	Nature Biotechnology	猴科、猕猴属	2.85G
猪蛔虫	Ascaris suum	2011.10	Nature	蛔虫属	272M
二斑叶螨(棉红蜘蛛)	Tetranychus urticae	2011.11	Nature	叶螨科、叶螨属	90M
帝王蝶	Danaus plexippus	2011.11	Cell	斑蝶属	273M
指猴(夜狐猴)	Daubentonia madagascariensis	2011.12	Genome Biology and Evolution	指猴属	3G
鲶鱼	Ictalurus punctatus	2011.12	BMC Genomics	鲶科、鲶属	1G
埃及血吸虫	Schistosoma haematobium	2012.01	Nature Genetics	血吸虫属	385M
中华肝吸虫	Clonorchis sinensis	2011.10	Genome Biology	线虫纲	516M
鳄鱼	Crocodylus siamensis	2012.01	Genome Biology	爬行纲、鳄目	2.5G
马氏珠母贝	Pinctada fucata	2012.02	DNA Research	珍珠贝科、珠母贝属	1150M
大猩猩	Gorilla gorilla gorilla	2012.03	Nature	猩猩科	3.04G
三刺鱼	Gasterosteus aculeatus	2012.04	Nature	刺鱼目、刺鱼科、刺鱼属	463M
诗神袖蝶	Heliconius melpomene	2012.05	Nature	蛱蝶科、 釉蛱蝶属	269M
倭黑猩猩	Pan paniscus	2012.06	Nature	猩猩科、黑猩猩属	2.7G
虎皮鹦鹉	Melopsittacus undulatus	2012.07	Nature Biotechnology	鹦鹉科、虎皮鹦鹉属	1.2G
牦牛	Bos grunniens	2012.07	Nature Genetics	牛科、牛属	2.66G
北极熊	Ursus maritimus	2012.07	PNAS	熊科、棕熊属	2.53G
间日疟原虫	Plasmodium vivax	2012.08	Nature Genetics	疟原虫科、疟原虫属	Brazil I 28.87Mb; India VII 29.25Mb; Mauritania I 28.43Mb; North Korean 29.65Mb
食蟹猴疟原虫	Plasmodium cynomolgi	2012.08	Nature Genetics	疟原虫科、疟原虫属	26.2Mb
勇地雀	Geospiza fortis	2012.08	GigaScience	地雀属	1.07 Gb
牡蛎	Crassostrea gigas	2012.09	Nature	软体动物门、牡蛎科	559 Mb
姬鹟	Ficedula albicollis	2012.10	Nature	鹟科、姬鹟属	1.13Gb
毛里求斯果蝇	Drosophila mauritiana	2012.10	Genome Research	果蝇科、果蝇属
骆驼	Camelus bactrianus	2012.11	Nature Communications	骆驼科、骆驼属、双峰驼种	2.38Gb
家猪	Sus scrofa	2012.11	Nature	猪科、猪属	2.6Gb
五指山猪	Sus scrofa	2012.11	GigaScience	猪科、猪属	2.6 Gb
帽贝、海蠕虫、淡水水蛭	Lottia gigantea, Capitella teleta, Helobdella robusta	2012.12	Nature	软体动物、腹足纲；环节动物、多毛纲；环节动物、蛭纲、水蛭科	348Mb,324Mb,228Mb
蝙蝠	Pteropus alecto，Myotis davidii	2012.12	Science	狐蝠科；蝙蝠科、鼠耳蝠属	2.00Gb，1.94Gb
家山羊	Capra hircus	2012.12	Nature Biotechnology	牛科、羊亚科、山羊属	2.92G
小菜蛾	Plutella xylostella	2013.01	Nature Genetics	鳞翅目、菜蛾科	343Mb
鸽子	Columba livia	2013.01	Science	鸠鸽科、鸽属	1.3 Gb
树鼩	Tupaia belangeri	2013.02	Nature Communications	树鼩科、树鼩属	3.2Gb
七鳃鳗	Petromyzon marinus	2013.02	Nature Genetics	七鳃鳗科	816Mb
四种绦虫	Echinococcus multilocularis;E. granulosus;Taenia solium ;Hymenolepis microstoma	2013.03	Nature	扁形动物门、绦虫纲	115-141Mb
游隼、猎隼	Falco peregrinus;Falco cherrug	2013.03	Nature	隼科、隼属	1.2Gb
西部锦龟	Chrysemys picta bellii	2013.03	Genome Biology	沼泽龟科、锦龟属	2.59Gb
山松甲虫	Dendroctonus ponderosae Hopkins	2013.03	Genome Biology	鞘翅目、小蠹科	208 Mb
月光鱼	Xiphophorus maculatus	2013.03	Nature Genetics	花鳉科、剑尾鱼属	750–950 Mb
地山雀	Pseudopodoces humilis	2013.03	Genome Biology	山雀科、地山雀属	1.1 Gb
斑马鱼	Danio rerio	2013.04	Nature	鲤科、鱼丹属	1.4 Gb
腔棘鱼	Latimeria chalumnae	2013.04	Nature	矛尾鱼科	2.86 Gb
中华鳖和绿海龟	Pelodiscus sinensis ;Chelonia mydas	2013.04	Nature Genetics	鳖科、中华鳖属；海龟科、海龟属	2.21 Gb;2.24Gb
藏羚羊	Pantholops hodgsonii	2013.05	Nature Communications	牛科、藏羚属	2.75 Gb
绯红金刚鹦鹉	Ara macao	2013.05	PLoS ONE	鹦鹉科、金刚鹦鹉属	1.11–1.16 Gbp
北京鸭	Anas platyrhynchos	2013.06	Nature Genetics	鸭科、鸭属	1.2 Gb
按蚊	Anopheles darlingi	2013.06	Nucleic Acids Research	蚊科、按蚊属	201 Mb
太平洋蓝鳍金枪鱼	Thunnus orientalis	2013.06	PNAS	鲭科、金枪鱼属	800 Mb
地山雀	Parus humilis	2013.07	Nature Communications	山雀科、地山雀属	1.08G
蛭形轮虫	Adineta vaga	2013.07	Nature	轮虫纲	244 Mb
扬子鳄	Alligator sinensis	2013.08	Cell Research	短吻鳄科、短吻鳄属	2.3 Gb
中国仓鼠	Cricetulus griseus	2013.08	Nature Biotechnology	仓鼠科	2.33 Gb
布氏鼠耳蝠	Myotis brandtii	2013.08	Nature Communications	蝙蝠科、鼠耳蝠属	2 Gb
捻转血矛线虫	Haemonchus contortus	2013.08	Genome Biology	毛圆科、血矛属	320 Mb
细粒棘球绦虫	Echinococcus granulosus	2013.09	Nature Genetics	带科、棘球属	151.6 Mb
东北虎	Panthera tigris	2013.09	Nature Communications	猫科、豹属	2.4G
东亚钳蝎	Mesobuthus martensii	2013.10	Nature Communications	钳蝎科、钳蝎属	1.3G

Science：单细胞测序显示：同一个人的不同神经元DNA序列不一样

 

之前大家一直认为一个人体内的每个细胞都有相同的遗传信息，基因组的特殊表达模式使得不同细胞的功能各异。然而最近发表在Science杂志上的文章推翻了该观点。

确定一个人的不同神经元的基因组只能采用单细胞基因组测序的方法。索尔克研究所的科学家采用单细胞基因组测序的方法发现同一个人中不同的神经元基因组存在多样性。

该文章的通讯作者Fred Gage博士称，与我们之前的想法不同，不同神经元的遗传标记并不相同，神经元基因组是由不同的DNA片段拼接起来的。

科学家从三位死者体内分离了一百个神经元，采用单细胞测序技术，科学家试图寻找DNA拷贝数的变异性（copy number variations，CNVs）。结果显示41%的神经元拥有独特的CNV，这表明这些神经元并不是来自于同一个亲本。

Gage博士称，我们发现一个人的不同神经元DNA序列不一样，该结果让我们非常惊异，我们必须要设计对照试验表明该现象不是试验操作造成的假象。

于是科学家采用测序诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells ，iPSCs）分化的神经元的方法进行研究，理论上来自于相同表皮细胞的iPSCs基因组是相同的。

Gage博士称，该实验证明了我们之前的发现，从同一iPSC品系中分化而来的神经元的基因组也有各异的缺失，扩增等现象。

有趣的是表皮细胞本身也是有遗传差异的，但是没有神经元这么显著。McConnell博士称，神经元比表皮细胞基因组有更大的多样性是说得通的。因为神经元要彼此沟通，形成庞大复杂的网络。

细胞的基因组不同很可能导致产生的RNA和蛋白质不同，McConnell博士称，如果我们能对一个细胞既进行基因组分析也进行转录组分析，我们对细胞功能分化认识会更深入。

 

Mosaic Copy Number Variation in Human Neurons

McConnell MJ, Lindberg MR, Brennand KJ, Piper JC, Voet T, Cowing-Zitron C, Shumilina S, Lasken RS, Vermeesch JR, Hall IM, Gage FH.

We used single-cell genomic approaches to map DNA copy number variation (CNV) in neurons obtained from human induced pluripotent stem cell (hiPSC) lines and postmortem human brains. We identified aneuploid neurons, as well as numerous subchromosomal CNVs in euploid neurons. Neurotypic hiPSC-derived neurons had larger CNVs than fibroblasts, and several large deletions were found in hiPSC-derived neurons but not in matched neural progenitor cells. Single-cell sequencing of endogenous human frontal cortex neurons revealed that 13 to 41% of neurons have at least one megabase-scale de novo CNV, that deletions are twice as common as duplications, and that a subset of neurons have highly aberrant genomes marked by multiple alterations. Our results show that mosaic CNV is abundant in human neurons.

doi: 10.1126/science.1243472

原文链接