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Monthly Archives: 10月 2011

美国天体物理学家发现银河系6万光年新旋臂

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天体物理学家发现银河系6万光年新旋臂

新的旋臂位于盾牌座-半人马座悬臂的末端,将既有旋臂又延伸了将近6万光年,距离银河系中心大约5万光年。这项发现有助于我们更好的认识银河系的形状,当然,现在这个完美的对称漩涡结构只是科学家们对银河系的想象图。由于大量的星际尘埃阻挡了人类观测的视线,所以天文学家仅是通过现有的观测数据来估测银河系的形状,或许这只是浩淼银河的一小部分。

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太阳在银河系中的位置

天文学家们表示,这个新悬臂的位置并不适宜生命的演化,加州大学的一位科学家认为类似地球这样的、富含铁的星球是生命的理想家园,而银河系中心更有可能存在这种富铁星体。一旦这种假设成立,那么在遥远的银河系中心,那里的生命形式将比地球生命文明先进数亿年,因为,它们的年龄大致相当于太阳的两倍。

威威猫原文链接

Genome Biol.:科学家破译大麻遗传密码

“火人”——每年在美国内华达州举行的一个随心所欲的著名艺术聚会——的参与者们通常都不会注意到新的基因组序列,但他们或许想要看一下在10月出版的《基因组生物学》杂志上的一篇论文。

科学家在论文中报告说,他们已经测定了纤维植物物种大麻(Cannabis sativa)的大部分遗传密码。

研究小组选择的样本是一种名为紫兴都库什的大麻品种。

这一基因组或许能够给研究人员提供新的视点——到底是什么原因让这种盆栽植物在一些民间节庆上如此受欢迎。

通过将紫兴都库什与另一种流行的大麻产品——由大麻纤维生产的菲诺拉(Finola)品种——进行比较,研究小组发现,一种对大量生产赋予了大麻极度快感的化合物质——四氢大麻酚(THC)——前体至关重要的基因被关闭了。

反过来,紫兴都库什大麻只产生少量,甚至不含大麻二酚酸——这是在大麻类植物中发现的一种类似化合物,这或许是因为这些分子吸收了THC所需要的基本成分。

即便是对于那些不吸食大麻的人而言,这也是一条不同寻常的新闻。

大麻是当今世界上最廉价、最普及的毒品。其主要有效化学成分为THC,THC在吸食或口服后有精神和生理的活性作用。人类吸食大麻的历史长达千余年,20世纪在毒品和宗教方面的使用有增加倾向。吸毒者如吸入大剂量大麻,会出现幻觉、妄想和类偏执状态,伴有思维紊乱,自我意识障碍,出现双重人格。

doi:10.1186/gb-2011-12-10-r102

The draft genome and transcriptome of Cannabis sativa

Harm van Bakel, Jake M Stout, Atina G Cote, Carling M Tallon, Andrew G Sharpe, Timothy R Hughes* and Jonathan E Page*

Background Cannabis sativa has been cultivated throughout human history as a source of fiber, oil and food, and for its medicinal and intoxicating properties. Selective breeding has produced cannabis plants for specific uses, including high-potency marijuana strains and hemp cultivars for fiber and seed production. The molecular biology underlying cannabinoid biosynthesis and other traits of interest is largely unexplored. Results We sequenced genomic DNA and RNA from the marijuana strain Purple Kush using shortread approaches. We report a draft haploid genome sequence of 534 Mb and a transcriptome of 30,000 genes. Comparison of the transcriptomes of Purple Kush and the hemp cultivar Finola revealed that many genes for cannabinoid and precursor pathways are more highly expressed in Purple Kush compared to Finola. The exclusive occurrence of 9-tetrahydrocannabinolic acid synthase in the Purple Kush transcriptome, and its replacement by cannabidiolic acid synthase in Finola, provides an explanation for the production of the psychoactive cannabinoid 9-tetrahydrocannabinol, or THC, in marijuana but not hemp. Resequencing Finola and the hemp cultivar USO-31 showed little difference in gene copy numbers of cannabinoid pathway enzymes. However, single nucleotide variant analysis uncovered a relatively high level of variation between cannabis types, and supported a separation of marijuana and hemp. Conclusions The Cannabis sativa genome enables the analysis of a multifunctional plant that occupies a unique role in human culture. Its availability will further the development of therapeutic marijuana strains with tailored cannabinoid profiles and provide a basis for the breeding of hemp with improved agronomic characteristics.

生物谷原文链接

英国科学家称“灵魂出窍”是大脑生理反应

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英国科学家用生理学理论解释人濒死时“灵魂出窍”的现象。

据外电10月31日报道,英国科学家在对大脑感知进行研究后认为,所谓意识溢出体外的现象只不过是大脑理解死亡的方式。“灵魂出窍”的感觉是大脑对我们耍的“小花招”。

此前曾有不少濒临死亡的人表示有过意识脱离躯体浮在上空,或是看到亮光的经历。但是据科学家的说法,这些只是大脑在处理死亡的过程中做出的反应。

来自爱丁堡大学和剑桥大学的科学家对死前大脑的变化进行了研究。研究员瓦特表示,人们在濒死时看到“指引其前往来生的”亮光的现象,可能是因为体内用来处理阳光的细胞死亡而产生的影像。瓦特说,“这一解释说明你并非进入了灵魂领域,而是你的大脑正试图处理你从未有过的经历。”

同时,“灵魂出窍”的感觉也可以用类似的理论予以解释。瓦特说,“如果你戴上虚拟现实的耳机,让其在你面前3英尺处呈现出你自己的样子,那么你的大脑有可能会认为那图像就是你自己,从而让你产生‘灵魂出窍’的错觉。”瓦特表示,任何濒死时的感觉都有生理学上的根据。

此外,还有事例表明,有些人在濒死时感到平和安详是受去甲肾上腺素的影响。这一激素通常在人们经历重压或受伤时释放。

英国广播公司网站相关报道(英文)

科学网原文链接

Blast2GO 本地化方法及注意事项

1. 准备工作

? 下载Mysql数据库并安装:http://www.mysql.com/downloads/mysql/ 。下个Essentials版本的就可以了。然后装上。(出问题自己解决)

? 下载所需的数据文件:

http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201011-assocdb-data.gz (下载最新的)

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz

ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz

以上数据均下载最新的。

? 下载local_b2g_db_tutorial_0609.zip. 在blast2go的网站上下载。

2. 本地化构建

? 更改数据存放目录

如果默认安装Mysql数据库的话,是装在C盘的,但是一般C盘的空间比较小,而要导入的数据很大,所以要改变一下Mysql 的数据存储目录。

查看路径:mysql > show variables like “%dir%”; 在这个命令的结果中会看到datadir的路径,下边就是将这个路径改到别的位置。

改变路径:

停止mysql服务:net stop mysql; 更改my.ini中的datadir信息,并将原来的data目录copy到更改以后的路径中;重启服务:net start mysql.

? 创建数据库和表

在local_b2g_db_tutorial_0609 中有个b2g_db.sql文件,该文件是用来构建b2g数据库和建立相应表的文件,可以直接导入到mysql 中。

原始的这个文件有几个错误,要改一下:

1) 原始第9行:GRANT * , 改为 GRANT ALL.

2) 原始第10行:添加 use b2g;

3) 原始第26行:’description’ text NOT NULL default ‘’, 将default ‘’去掉。

这样,这个文件就可以直接导入了。

导入:sh> mysql –uroot –p < c:/b2g_db.sql

这样在原来的mysql数据库中就多了一个b2g的数据库,同时这个库中还有三个表。自己查看一下,同时查看一下现在的数据存放目录是否改变了。

? 导入数据:

下边要导入已经下载好的4个数据文件。先都解压了,数据还是比较大的。

1) 导入go_<YYYYMM>-assocdb-data数据(压缩包1.18G,解压后7.45G)

进入mysql:

sh> mysql b2g –s –b –uroot –p

-s : silent mode: produce less out and speed up

-b : suppress the beep when errors occur

然后 mysql> source c:/go_****-assocdb-data

时间很长,等吧。

? 导入gene2accession

mysql> load data local infile “path/gene2accession” into table gene2accession;

OK, 无错误

? 导入gene_info

Mysql> load data local infile “path/geneinfo” into table gene_info;

OK,无错误

? 导入PIR file(idmapping)

这个需要通过blast2go界面进行导入。Blast2go下的Tools-> DB configuration, 改变db-host, name, password,一般变为localhost, root , ***,然后选择 tools-> import PIR mapping to a local B2G-DB,导入。

3. 总结

? 这里导入的数据仅仅解决了mapping的步骤,其他的步骤还需要通过网络,并没有本地化,mapping的速度是最慢的,本地化后会快很多。

? 检测是否构建成功:在blast2go的主界面中点击绿色的箭头,出现图形说明数据库已经建好了。

4. 可能出现的错误

? Network Connection Problem Premature EOF.过早结束。这个错误可能是由于杀毒软件造成的,关掉杀毒软件试试。不想关的话,放宽一下杀毒软件的过滤条件试试。

? Blast2go的blast步骤需要多作几次,直到最后两次的miss blast一样为止,一般不存在blast结果的序列还是很少的。如果你没有大型的服务器,个人觉得通过NCBI blast反而比自己本地blast要快。

? 富集分析:有时不报错,但是长时间不出结果,可能是杀毒软件的问题,关掉就很快出结果了。如果P值全为1,也这么做,试试看了。

? Could not create the java virtual machine的问题,可能是启动的blast2go需要的内存太多,设定一个小的内存使用量就可以了。

? Blast2go 会自动覆盖重复记录。会用后边的记录覆盖前边的记录。如果前面导入的结果为20个hit,后面相同记录为19个hit,那么最终的结果为19个hit.所以再比对nr和swissprot的时候,应该分开计算结果,然后再合并。

? Blast2go导入本地blast结果文件,受到序列条目和文件大小的限制,3000条序列一个文件是可以的(测试过),占内存很严重。文件大小在100M左右是可以的。

? 用独立的blast程序比对swissprot数据库出现问题,xml结果中hit-id不正确,导致blast2go无法识别,可能是formatdb时出现了错误,自己检查一下。

? 一般GO 分类中,biological process的节点很多,在blast2go中,这步出图的时候总是容易卡死,需要改变一下blast2go配置文件中图形节点的最大值,改大点应该可以出来。

5. 建议

? 富集分析做barchart的时候,用p-value比较好,可以在图形中显示over 和under。不推荐用FDR。

? Blast2go出来的分类饼图是不包括unknown类别的,个人建议用blast2go出来的数据重新画一个分布饼图,将unknown类放进去。

? 做blast的时候HSP的长度最好设定一下。

可能碰到的问题:http://www.blast2go.org/tut

Blast2GO 最新网址:http://www.blast2go.com/b2ghome,现在已经提供收费业务了,估计一点一点就会全部商业化了。个人建议还是学习人家的原理,如何mapping,如何打分,即使全部收费了也对我们的分析没多大影响,不能总被别人牵着鼻子走。

whybiocc原文链接

实验表明男人每天上网5小时以上将影响生育功能

今天是“男性健康日”,很多人都知道,长期暴露在电磁辐射中对健康有影响。特别是喜爱将笔记本直接垫于膝盖作业,对男性健康更不好。但这方面的实验室研究却少有报道。记者昨日从南京军区总院了解到,该院男科就进行了一系列实验,对长期处于计算机发出的低强度电磁辐射环境中的男性的生育能力状况进行了分析。专家指出,睾丸是电磁辐射敏感的靶器官之一,而长期接受电脑辐射,确实对男性精子的受精功能会有影响。

大鼠实验 48只大鼠放在笔记本电脑上

精子外观还好,内部结构受损

2011年3月开始,南京军区总医院男科专家商学军教授,对48只大鼠进行了分组实验。每组8只,共分为6组,分别以每天2小时和每天4小时,进行对大鼠的辐射实验。8只大鼠被关在透明的笼子内,笼子放置在笔记本上,就在键盘的上方。

商教授在实验过程中发现,电磁辐射对雄鼠的生殖功能有潜在的损伤作用。精子损伤程度与用笔记本电脑时间成正比。一天接受4小时辐射的大鼠精子比一天接受2小时辐射的大鼠精子损伤要严重。

这其中都是超微结构的损伤,即精子外表还好,但内部结构已经出现损伤。专家发现,电磁辐射甚至能够破坏精子膜。而精子膜表面上的脂蛋白和糖蛋白等是精子功能得以实现的主要物质。

另外,笔记本辐射时间越长,对DNA的影响也越大。而它也将直接表现在未来该精子与卵子结合受精后对胎儿质量和发育造成影响,出生后胎儿的健康风险加大。不排除在孕期出现胎停状况。不过这点还需要进一步证实。

当然,由于该实验样本量较少,所以研究结果还有一定局限。商教授说,动物与人还有区别。本研究只是对笔记本电脑放腿上的电磁辐射对男性精子受精能力的影响做了探索性研究,结果初步显示,笔记本电脑电磁辐射可影响男性精子的受精功能。这将对计算机电磁辐射的防护工作提供基础的研究数据。

真人实验:根据用电脑时间长短分为三组,每天上网5小时以上的,受精功能下降

动物实验初步证实了,那么在临床上,使用计算机时间长的男性,是不是真的出现精子异常的现象呢?专家介绍,2009年5月至2011年3月募集成年健康男性精液标本共196例,研究对象年龄在22~40岁,使用计算机工作2~14年。所有对象无外伤及遗传性疾病家族史、无性功能障碍病史和腮腺炎病史;体检未发现明显睾丸、附睾及输精管异常、精索静脉曲张及隐睾症。

实验人员将这些实验对象分为三组,1组(52例,A组) 为每周使用计算机时间低于2小时或从未使用计算机的男性;1组为每天使用2~5小时者为弱暴露组(68例,B组) ,1组为每天使用5小时以上者为强暴露组(76例,C组) 。

实验发现,长中期暴露在计算机电磁辐射的男性的精子受精能力虽然正常,但较每周使用计算机低于2小时的,精子受精功能已经降低。

专家分析说,计算机工作时会发出与工业、科技、医学高频设备、广播、电视、通信、雷达等射频设备的工作频段相同的中波、短波、超短波,产生电磁辐射。而睾丸是电磁辐射敏感的靶器官之一,电磁辐射可以引起睾丸结构和功能损伤,影响生殖激素水平,造成性功能和生育能力下降。

电磁辐射引起机体组织液中ROS含量变化所致。研究表明电磁场能激活ROS生成,增加其在组织细胞中浓度。ROS是一类具有比氧更为活跃的化学反应性的氧的代谢产物。在生理情况下,生物体内产生的少量ROS 在细胞生长调节、信号传递以及微生物防御和免疫监视等方面具有重要作用。但当ROS产生过多时,则会对机体多种细胞与组织产生毒害作用。

其中,男性生殖细胞——精子就对ROS 极为敏感,过多的ROS可引起精子结构与功能改变,使精子活力降低、死亡增加,并影响精子的顶体反应及受精功能。

驱动之家原文链接

Nature:蛔虫病治疗新视野

2011年10月26日,由澳大利亚墨尔本大学和华大基因主导完成的猪蛔虫(Ascaris suum)基因组研究成果在国际顶尖杂志《自然》(Nature)上在线发表。该研究成果将有助于科学家从基因水平了解蛔虫病遗传特性及致病机理,为蛔虫病治疗药物和疫苗的研发奠定了重要的科研基础。

寄生虫病是世界上分布广、种类多、危害严重的一类疾病,其中蛔虫病是寄生虫病中最常见的一种疾病,给人类造成严重危害。猪蛔虫病是生产中常见的危害严重的猪寄生虫病,轻则引起仔猪消化不良,降低饲料报酬率,增加养殖成本;重则因大量虫体堵塞肠管导致死亡,给养殖户带来巨大损失。人蛔虫病也是世界上流行最广的人类蠕虫病,据WHO估计全球有13亿患者,尤其是在亚洲,非洲和拉丁美洲等发展中国家感染者更多。蛔虫的寄生可引起肠粘膜的损伤,导致消化和吸收障碍,或引起其它并发症,严重甚至会导致死亡,给人类健康造成巨大的威胁。该研究中的A. suum虽然只是主要感染猪,但是它与另外一种人类寄生虫Ascaris lumbricoides(人蛔虫)具有十分近的亲缘关系,因此该研究对于防治此类疾病将具有非常重要的参考意义。

在本研究中,研究人员采用新一代高通量测序技术对A. suum进行了全基因组测序,测序深度高达80X。研究表明,A. suum基因组由2.73亿个碱基对组成,大约含有18,500个蛋白质编码基因。通过对猪组织中的蛔虫成虫和幼虫进行了转录组测序及分析后,研究人员还发现了164,000个单核苷酸多态性位点(SNPs)。这些数据为研究A. suum在不同发育阶段和不同宿主组织中侵入宿主体内的转录模式提供了重要线索。研究还发现,与目前已测序的其它动物相比,A. suum的基因组中的重复序列较少,只占整个基因组的4.4%,还发现了24个反转录转座子家族和8个DNA转座子家族。

通过与其它寄生和非寄生蛔虫以及模式生物秀丽隐杆线虫进行比较基因组学分析发现,A. suum与其它寄生虫具有高度同源性,其中与动物寄生虫——马来丝虫(Brugia malayi)具有最高的共线性;研究人员还发现了A. suum和人蛔虫与其寄生相关的遗传特征,如猪寄生虫能够分泌一些物质帮助其侵入动物机体或抵御宿主的免疫系统。

“从A. suum的基因组序列中,我们已经确定了5个新的药物靶点,这些靶点可能与其他许多寄生虫有关,通过基因组分析发现,这些药物靶点具有特异性,它们可以选择性地杀死寄生虫,但并不会给宿主带来损害。因此,目前我们迫切需要开发新的治疗蛔虫病的方法。” 文章的第一作者、墨尔本大学的Aaron R. Jex教授说。

文章的第一作者、华大基因该项目负责人李波说:“猪蛔虫是一种与感染人数极多的人蛔虫亲缘关系很近的寄生虫,目前也是作为寄生虫研究的一个理想模型。我们通过对猪蛔虫进行全基因组测序、组装、注释及分析,试图从基因组水平了解其遗传特性以及一些致病的机制,这对于防治蛔虫病具有十分重要的意义。通过进一步挖掘基因组信息,我们希望能够为猪蛔虫病和人蛔虫病的诊断,预防和治疗等提供更多有价值的信息。”

doi:10.1038/nature10553

Ascaris suum draft genome

Parasitic diseases have a devastating, long-term impact on human health, welfare and food production worldwide. More than two billion people are infected with geohelminths, including the roundworms Ascaris (common roundworm), Necator and Ancylostoma (hookworms), and Trichuris (whipworm), mainly in developing or impoverished nations of Asia, Africa and Latin America. In humans, the diseases caused by these parasites result in about 135,000 deaths annually, with a global burden comparable with that of malaria or tuberculosis in disability-adjusted life years. Ascaris alone infects around 1.2 billion people and, in children, causes nutritional deficiency, impaired physical and cognitive development and, in severe cases, death. Ascaris also causes major production losses in pigs owing to reduced growth, failure to thrive and mortality. The Ascaris–swine model makes it possible to study the parasite, its relationship with the host, and ascariasis at the molecular level. To enable such molecular studies, we report the 273 megabase draft genome of Ascaris suum and compare it with other nematode genomes. This genome has low repeat content (4.4%) and encodes about 18,500 protein-coding genes. Notably, the A. suum secretome (about 750 molecules) is rich in peptidases linked to the penetration and degradation of host tissues, and an assemblage of molecules likely to modulate or evade host immune responses. This genome provides a comprehensive resource to the scientific community and underpins the development of new and urgently needed interventions (drugs, vaccines and diagnostic tests) against ascariasis and other nematodiases.

生物谷原文链接

美有望2015年造飞行汽车 “变形金刚”出屏幕

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这些电影中的特技竟要成为现实了

你能想象汽车可以像直升机一样自由升降和飞翔吗?这一梦想不再只是好莱坞电影中的特效画面,而有望在2015年成为现实。

据美国媒体10月25日报道,美国国防部高级研究规划局(DARPA)日前透露,该局的“飞行悍马军车”计划已收到了来自AAI公司和洛克希德马丁两家公司的可行性设计稿。这两家公司的设计都已进入第二阶段,将于2012年结束前进入原型制作阶段。如果第二阶段如期结束,意味着这种会飞的悍马军车将有望在2015年中期左右进行陆空实地演习。

其实,设计中的这种飞行悍马军车并非只有超炫外表这一噱头,作为供陆空两栖使用的交通工具,其设计理念可谓是集实用性与人性化于一身。飞行悍马军车除了能够在短时间内迅速变形成为一架能够垂直升降的飞机外,还能够运输轻型武器装备,并可搭乘含飞行员在内的四名士兵。

尽管外形新颖独特,它的驾驶操作方法却十分简便。在无人驾驶系统的帮助下,只要是拥有汽车驾照的士兵都可以安全、轻松地驾驭飞行悍马军车。

不过,飞行悍马军车要想早日投入使用,还需要攻克一些难题。首先,车身材料要足够轻巧,以便动力能够将车身带上天空;否则就还需要在车内配置一台动力强劲的发电机并安装特制的机翼或螺旋桨。另外,在配备了所有必需的硬件设备之后,车身仍然需要留出足够四人使用的乘坐空间。

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Nature:基因表达和物种差异

基因组分析能够揭示有可能决定着物种间差别的蛋白编码变化,但物种之间基因型差别中很多都是影响基因表达的调控性突变所造成的结果。Brawand 等人利用高吞吐量RNA测序方法来研究来自所有主要哺乳动物分支的10个物种的六大器官(皮层、小脑、心脏、肾脏、肝脏和睾丸)中哺乳动物转录组的演化动态。他们所取得的发现之一是器官和物种之间转录组差异的程度,同时他们还识别出了可能是由选择性驱动的表达开关,这些开关可能决定了特定器官的生物学特征.

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doi:10.1038/nature10532

The evolution of gene expression levels in mammalian organs

David Brawand,1, 2, 10 Magali Soumillon,1, 2, 10 Anamaria Necsulea,1, 2, 10 Philippe Julien,1, 2 Gábor Csárdi,2, 3 Patrick Harrigan,4 Manuela Weier,1 Angélica Liechti,1 Ayinuer Aximu-Petri,5 Martin Kircher,5 Frank W. Albert,5, 11 Ulrich Zeller,6 Philipp Khaitovich,7 Frank Grützner,8 Sven Bergmann,2, 3 Rasmus Nielsen,4, 9 Svante P??bo5 & Henrik Kaessmann1, 2

Changes in gene expression are thought to underlie many of the phenotypic differences between species. However, large-scale analyses of gene expression evolution were until recently prevented by technological limitations. Here we report the sequencing of polyadenylated RNA from six organs across ten species that represent all major mammalian lineages (placentals, marsupials and monotremes) and birds (the evolutionary outgroup), with the goal of understanding the dynamics of mammalian transcriptome evolution. We show that the rate of gene expression evolution varies among organs, lineages and chromosomes, owing to differences in selective pressures: transcriptome change was slow in nervous tissues and rapid in testes, slower in rodents than in apes and monotremes, and rapid for the X chromosome right after its formation. Although gene expression evolution in mammals was strongly shaped by purifying selection, we identify numerous potentially selectively driven expression switches, which occurred at different rates across lineages and tissues and which probably contributed to the specific organ biology of various mammals.

原文链接

华中农大科学家成功克隆正调控水稻粒重基因

华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室张启发院士领衔的水稻国家创新研究团队,日前成功克隆了正调控水稻粒重的数量性状基因GS5。进一步的功能研究显示,该基因在高产分子育种中具有广阔的应用前景。

此项研究相关论文已于10月23日在线发表于国际顶级遗传学杂志《自然-遗传学》(《Nature Genetics》)。论文的第一作者是该团队张启发与何予卿教授共同指导的博士生李一博。

多年来,科学家们一直致力于寻找控制粒重即种子大小的关键基因,以往已经克隆出的GS3、GW2和qSW5粒形基因均与粒形呈负相关,即较高的基因表达水平,种子大小反而随之下降。

经过近10年的研究,华中农业大学团队此次克隆的GS5却是一个种子大小的正调控因子,其较高的GS5表达水平可能参与促进细胞周期循环,加快细胞循环进程,从而促进水稻颖壳细胞的横向分裂,进而增大颖壳的宽度,继而加快谷粒的充实和胚乳的生长速度,最终增大种子的大小以及增加谷粒的重量和单株产量。

大量研究表明,在除了谷粒大小目标性状有差异,而遗传背景完全相同的两个遗传材料中,谷粒大的材料比谷粒小者含有较高GS5基因表达,大粒比小粒宽了8.7%、千粒重增加了7.0%、单株产量提高了7.4%。

据李一博介绍,他们对来自亚洲不同地区的51份水稻品系进行GS5启动子比较测序,发现GS5在自然界主要有3种不同的组合方式,分别是GS5大粒单倍型、GS5中粒单倍型和GS5小粒单倍型,正好对应不同品系宽、中等宽和窄粒形等3组不同粒宽的性状。其中,GS5小粒单倍型是野生型,而GS5大粒单倍型是水稻驯化和育种过程中功能获得性的突变型。启动子镶嵌转化分析进一步表明,上述突变型的形成,取决于GS5启动子的自然变异。因此,GS5在水稻人工驯化和育种过程中起到了重要作用,并对水稻种子大小的遗传多样性贡献很大。

据了解,GS5及以前克隆的Ghd7等一大批基因,对于通过生物技术进行改良来提高产量提供了新的可能。

Li Y-B, Fan C-C, Xing Y-Z, Jiang Y-H, Luo L-J, Sun L, Shao D, Xu C-J, Li X-H, Xiao J-H, He Y-Q, Zhang Q-F (2011) Natural variation in GS5 plays an important role in regulating grain size and yield in rice. Nat Genet advance online publication. doi:10.1038/ng.977

Perl教学视频:探索Perl的世界

非常好的perl视频教学,适合初学者哦。感谢Superor的无私奉献!
写在前面.非常非常感谢 Superor 拿出自己的时间,为中国的 Perl 界做出了第一个中文视频教程,象别的语言都有很好的教程。Perl 的相比起来还是少.看视频,在入门时还是相当方便的,就象电影来看就好了。我基本 Superor 老师每出一集我都看了。希望大家也认真看看。

记的,学习时要多写,只能看明白,只有 5% 是你的,练习都做一做,就有 30% 是你的啦。其它的如果能根据教程,自己写出自己要的程序,才 80% 是你的.

再次感谢 Superor 老师.

注意下面的内容,如果加 .zip 可以直接下载的。

第1集:第一章 Perl的概述
http://www.boobooke.com/v/bbk2869

第2集:第二章 Perl的简单变量
http://www.boobooke.com/v/bbk2969

第3集:第二章 Perl的字符串变量
http://www.boobooke.com/v/bbk3074

第4集:第二章 字符串变量和小结
http://www.boobooke.com/v/bbk3195
——————————————————————–
第5集:第三章 perl中的运算符
http://www.boobooke.com/v/bbk3335

第6集:第三章 perl中的运算符
http://www.boobooke.com/v/bbk3370

第7集:第三章 perl中的运算符优先级
http://www.boobooke.com/v/bbk3403
——————————————————————–
第8集:第四章 perl中的控制结构
http://www.boobooke.com/v/bbk3428

第9集:第四章 perl中的控制结构
http://www.boobooke.com/v/bbk3448
——————————————————————–
第10集:第五章 列表与数组
http://www.boobooke.com/v/bbk3529

第11集:第五章 列表与数组
http://www.boobooke.com/v/bbk3530

第12集:第五章 列表与数组
http://www.boobooke.com/v/bbk3531
——————————————————————–
第13集:第六章 关联数组
http://www.boobooke.com/v/bbk3600

第14集:第六章 关联数组
http://www.boobooke.com/v/bbk3601

第15集:第六章 关联数组
http://www.boobooke.com/v/bbk3602
——————————————————————–
第16集:第七章 文件
http://www.boobooke.com/v/bbk3681

第17集:第七章 文件
http://www.boobooke.com/v/bbk3682

第18集:第七章 文件
http://www.boobooke.com/v/bbk3683

第19集:第七章 文件
http://www.boobooke.com/v/bbk3684
——————————————————————–
第20集:第八章 正则表达式
http://www.boobooke.com/v/bbk3748

第21集:第八章 正则表达式
http://www.boobooke.com/v/bbk3749

第22集:第八章 正则表达式
http://www.boobooke.com/v/bbk3750

第23集:第八章 正则表达式
http://www.boobooke.com/v/bbk3751

第24集:第八章 正则表达式
http://www.boobooke.com/v/bbk3752
——————————————————————–
第25集:第九章 格式化输出
http://www.boobooke.com/v/bbk3784

第26集:第九章 格式化输出
http://www.boobooke.com/v/bbk3785
——————————————————————–
第27集:第十章 函数
http://www.boobooke.com/v/bbk3799

第28集:第十章 函数
http://www.boobooke.com/v/bbk3800

第29集:第十章 函数
http://www.boobooke.com/v/bbk3801
——————————————————————–
第30集 第十一章 Perl引用
http://www.boobooke.com/v/bbk3851

第31集 第十一章 Perl引用
http://www.boobooke.com/v/bbk3852

第32集 第十一章 Perl引用
http://www.boobooke.com/v/bbk3853

第33集 第十一章 Perl引用
http://www.boobooke.com/v/bbk3854
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第34集 第十二章 Perl包和模块
http://www.boobooke.com/v/bbk3915

第35集 第十二章 Perl包和模块
http://www.boobooke.com/v/bbk3916

第36集 第十二章 Perl包和模块
http://www.boobooke.com/v/bbk3917
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第37集 第十三章 类和对象
http://www.boobooke.com/v/bbk3992

第38集 第十三章 类和对象
http://www.boobooke.com/v/bbk3993

第39集 第十三章 类和对象
http://www.boobooke.com/v/bbk3994

第40集 第十三章 类和对象
http://www.boobooke.com/v/bbk3995