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Monthly Archives: 6月 2011

科学家发现跳伞蚂蚁:用臀部控制滑翔方向

腾讯科技讯(悠悠/编译) 据英国每日邮报报道,日前,研究人员最新研究发现亚马逊河流域的树栖蚂蚁能够使用臀部有效地控制空中滑翔的方向。

科学家发现跳伞蚂蚁:用臀部控制滑翔方向

亚马逊流域Cephalotes atratus蚂蚁可利用臀部和腿部控制滑翔方向,实现安全着陆

滑翔又被科学家称为“定向空中下降”,此前科学家曾观测蛇和松鼠存在着类似的机能,能够实现无翅膀滑翔飞行。但这种蚂蚁拥有奇特的“滑翔秘笈”,它不同于其它滑翔物种,并没有特殊的身体附属物来控制下降过程。然而这种奇特的蚂蚁却可使用后腿和臀部来控制空中下降路线。

美国加利福尼亚州大学伯克利分校研究员尤娜坦-穆克(Yonatan Munk)称,其它滑翔物种具有一些身体特征可解释其“潜在的空气动力学”,例如:松鼠的尾部和蛇摆动的躯体。但如果你看到这种蚂蚁,你不会相信它们具有空中滑翔能力,肯定会从空中直线坠落。

据悉,穆克用4年时间旅行亚马逊河流域,细致充分地研究这种树栖蚂蚁“Cephalotes atratus”。使用特殊设计的垂直风洞,他和同事们能够拍摄和分析该蚂蚁控制滑翔的精确性动作。

当这些蚂蚁从树上栖息地跳下时,将在空中利用后背“翻筋斗”,伸展腿部抬起自己的身体,之后降低自己的臀部或者后半段身体。在这种情况下,体形微小的蚂蚁能够充分实现空气动力学,在没有翅膀的情况下,有效地控制滑翔过程。

穆克说:“它们的滑翔过程非常类似于人类跳伞运动员,其原理机制是近似的。”

JBC:编制光合作用蛋白质目录 揭秘生物过程

据美国物理学家组织网近日报道,美国卡内基学院、加利福尼亚大学洛杉矶分校与美国能源部联合研究院利用先进的计算机工具,分析了28种植物中与光合作用相关的基因组,编制出与光合作用有关的597个编码基因蛋白的详细目录,从而可更好地从基因学角度研究支撑植物生理与生态的各种生物过程。研究论文发表在最新一期《生物化学杂志》上。

这597个来自植物和绿藻基因组的编码蛋白,称为GreenCut蛋白质,是光合生物特有的蛋白。其中286个是当前已知的功能蛋白,剩下的311个尚无法与特定的生物过程联系起来。

叶绿体是进行光合作用的工作间,有52%的GreenCut蛋白质位于叶绿体上。目前人们普遍认为,叶绿体是从一种能进行光合作用的单细胞细菌—— 藻青菌进化而来。大约15亿年前,藻青菌被更加复杂的、不能进行光合作用的细胞所吞噬,两种生物之间形成了最早的共生关系。在进化过程中,藻青菌将它的大部分基因信息转移给了宿主生物的细胞核,丧失了独立生存能力。

“这种基因减退的藻青菌是叶绿体的基础,却保持了它的光合作用能力和某些基本的代谢功能,如合成氨基酸和脂肪。叶绿体中发生的这些过程,也必须和其他代谢过程紧密结合在一起。”卡内基学院研究员格鲁斯曼解释说。

最近发现的证据表明,并非所有的GreenCut蛋白质都在叶绿体上,许多参与光合作用的GreenCut蛋白对于植物其他功能作用也起着关键作用,可能涉及新陈代谢调控、DNA转录控制、线粒体产生能量、过氧物酶体(能净化室内空气)等细胞器正常功能的发挥。

进一步扩展研究范围之后,研究人员还发现,在古老的藻青菌、红藻及硅藻等其他单细胞藻类中,也保留了多种GreenCut蛋白质。格鲁斯曼表示,比较多种生物中所含有的GreenCut蛋白质,有助于进一步揭开这些蛋白质在光合细胞中的作用,研究叶绿体的进化过程,以及在不同条件下,光合细胞是如何调整变化以适应生存环境的。

推荐原文出处:

The Journal of Biological Chemistry    DOI:10.1074/jbc.M111.233734

The GreenCut2 Resource, a Phylogenomically Derived Inventory of Proteins Specific to the Plant Lineage

Steven J. Karpowicz, Simon E. Prochnik, Arthur R. Grossman and Sabeeha S. Merchant

The plastid is a defining structure of photosynthetic eukaryotes and houses many plant-specific processes, including the light reactions, carbon fixation, pigment synthesis, and other primary metabolic processes. Identifying proteins associated with catalytic, structural, and regulatory functions that are unique to plastid-containing organisms is necessary to fully define the scope of plant biochemistry. Here, we performed phylogenomics on 20 genomes to compile a new inventory of 597 nucleus-encoded proteins conserved in plants and green algae but not in non-photosynthetic organisms. 286 of these proteins are of known function, whereas 311 are not characterized. This inventory was validated as applicable and relevant to diverse photosynthetic eukaryotes using an additional eight genomes from distantly related plants (including Micromonas, Selaginella, and soybean). Manual curation of the known proteins in the inventory established its importance to plastid biochemistry. To predict functions for the 52% of proteins of unknown function, we used sequence motifs, subcellular localization, co-expression analysis, and RNA abundance data. We demonstrate that 18% of the proteins in the inventory have functions outside the plastid and/or beyond green tissues. Although 32% of proteins in the inventory have homologs in all cyanobacteria, unexpectedly, 30% are eukaryote-specific. Finally, 8% of the proteins of unknown function share no similarity to any characterized protein and are plant lineage-specific. We present this annotated inventory of 597 proteins as a resource for functional analyses of plant-specific biochemistry.

Nature:发现驱动线粒体钙通道机制关键蛋白

2011062115045291

线粒体就像生物体内的电池,为几乎所有细胞供应能量,而支持这一供能过程的分子机制一直是个谜。据美国物理学家组织网6月20日(北京时间)报道,哈佛大学医学院和马萨诸塞综合医院研究人员通过查阅人类基因组项目数据库资料并结合实验分析,终于发现了驱动线粒体钙通道机制的关键蛋白。该发现发表在6月19日出版的《自然》杂志上。

钙通道是专门针对钙离子的膜通道。生物体中的钙含量与许多最基本的生物过程密切相关,也和神经退行性疾病、糖尿病等的疾病环境有关。半个世纪以来,人们用生理和生物物理学的方法来研究钙通道,未能找到它的分子基础。

哈佛大学医学院系统生物学副教授范思·穆萨和同事研究线粒体已经长达10年。2008年,他们曾鉴定出1098个人类和鼠类的线粒体蛋白,发表了一份综合蛋白及蛋白质组目录,名为“MitoCarta”,但其中大部分蛋白质的功能还不明确。2010年9月,他们通过MitoCarta目录找到了一个与线粒体摄取钙有关的特殊蛋白,命名为MICU1。

但MICU1并没有跨越膜,只是钙通道机制中一个重要组成部分,作为膜通道调控器,与它相对应的蛋白才是真正的“运输车”。研究小组再以MICU1 为引线,搜寻了全部RNA基因组和蛋白质表达数据库,以及包含了500个物种的基因组信息,终于发现有一种未知的、功能不明的蛋白质,在形状上跟 MICU1正相对应。研究人员给它取名为MCU,即“线粒体钙单输送体”。

为了证实MCU是线粒体钙吸收的关键蛋白,他们与Alnylam制药公司合作,利用一种RNAi工具(能选择性地使细胞中基因丧失活性)让小鼠肝脏中的MCU丧失了活性,尽管小鼠没有立即显出反应,但它们肝脏组织中的线粒体已经丧失了吸收钙的功能。

穆萨表示,这在某些人类疾病中也能得到证实。神经组织退化类疾病的患者,其大脑神经元常会出现线粒体钙负荷超标。胰岛素等许多激素也是由于细胞质中的钙介入而释放,清除细胞质中的钙,线粒体就会发出相关信号。MICU1和MCU不仅对研究能量代谢和细胞信号之间的关系具有重要意义,对缺血性损伤、神经退行性疾病、糖尿病等多种疾病,也是重要的药物标靶。

推荐原文出处:

Nature    DOI:10.1038/nature10234

Integrative genomics identifies MCU as an essential component of the mitochondrial calcium uniporter

Joshua M. Baughman, Fabiana Perocchi, Hany S. Girgis,Molly Plovanich,Casey A. Belcher-Timme, Yasemin Sancak, X. Robert Bao, Laura Strittmatter,Olga Goldberger, Roman L. Bogorad, Victor Koteliansky & Vamsi K. Mootha1

Mitochondria from diverse organisms are capable of transporting large amounts of Ca2+ via a ruthenium-red-sensitive, membrane-potential-dependent mechanism called the uniporter1, 2, 3, 4. Although the uniporter’s biophysical properties have been studied extensively, its molecular composition remains elusive. We recently used comparative proteomics to identify MICU1 (also known as CBARA1), an EF-hand-containing protein that serves as a putative regulator of the uniporter5. Here, we use whole-genome phylogenetic profiling, genome-wide RNA co-expression analysis and organelle-wide protein coexpression analysis to predict proteins functionally related to MICU1. All three methods converge on a novel predicted transmembrane protein, CCDC109A, that we now call ‘mitochondrial calcium uniporter’ (MCU). MCU forms oligomers in the mitochondrial inner membrane, physically interacts with MICU1, and resides within a large molecular weight complex. Silencing MCU in cultured cells or in vivo in mouse liver severely abrogates mitochondrial Ca2+ uptake, whereas mitochondrial respiration and membrane potential remain fully intact. MCU has two predicted transmembrane helices, which are separated by a highly conserved linker facing the intermembrane space. Acidic residues in this linker are required for its full activity. However, an S259A point mutation retains function but confers resistance to Ru360, the most potent inhibitor of the uniporter. Our genomic, physiological, biochemical and pharmacological data firmly establish MCU as an essential component of the mitochondrial Ca2+ uniporter.

原文链接

瑞萨开发出不需电池的无线通信技术

6月14日,瑞萨电子正式宣布开发出一种新的近距离无线通讯技术传感器不需电池即可通过蓝牙或无线局域网将数据发送出去

此技术的重点有两个:首先是利用发信端和收信端之间电磁波信噪比的改变来读取传感器传送的数据的近距离无线技术。另外就是自动探测环境中能量较强的电磁波(手机信号或WiFi/WLAN信号等)并转换成电能的微型发电技术。

这两者的结合,使得小于1米的通信距离内传感器发送数据不需依靠电池得以实现。通常使用的蓝牙或无限局域网技术消耗的电能在几十毫瓦左右,而依靠新的近距离无线技术,功耗可降至数微瓦,这样通过环境中的电磁波发电所得的能量即可支撑传感器运作。瑞萨宣布在试作的发信芯片和接收天线中达成了使用数微瓦的电能发送数据的效果

这种新的无线通讯技术以后可能应用的例子有:使用电子计算器计算得出结果后靠近PC直接发送结果到PC中;在创可贴上加入温度传感器,用智能手机实时监控体温数据等

瑞萨开发出不需电池的无线传送数据技术

试作的发信芯片和接收天线

五年western blot实验经验总结

1. 抗体的选择

对于国内的大多数实验室来讲,做western blot实验选择抗体是个头疼的问题。原因很简单,买进口抗体捉襟见肘,买国产抗体得需要大无畏的勇气,对于我所在的兰州地区的实验者而言,感触尤深。在 这五年的western blot实验历程里,我先后用过进口抗体,进口抗体国内分装包装,国产抗体,质量良莠不齐。

进口抗体一般不会出现闪失:abcam品种全,质量过硬,但价高(3400元/100微升),而且说是100微升,但至多能吸出来90微升;Sigma的 价最贵;比较有性价比的是CST的抗体,现在好像是2200元/100微升,我前后用过二十几种, 1:1000的稀释比下,还没有失过手,100微升通常能完成所有的免疫组化和western blot实验,还有一个优点是通常量比100微升多出来10微升,唯一的不足是CST的品种实在不多。Santa的多克隆抗体质量可以,但是选用 Santa的单抗还是有风险,估计这也是业界共识了吧。

进口抗体国内分装包装我也用过不少,呵呵,毕竟是穷人(420元/100微升),大概好抗体的比例约为50%,如果能做出来,也存在一个问题,就是抗体大 多只能用一次。我曾经把Santa的原装抗体和分装抗体做过比对(抗体品种,货号等完全一致),在都能做出来的前提下,原装抗体能重复使用的次数要多出许多。具体原因我已经揣测了好几年,不敢说出来,我一直在想是不是冬天西瓜切成牙和整个卖,也会有所不同。揣测归揣测,假如只为了发论文毕业走人,可以考虑选用进口分装的多克隆抗体。

国产抗体比较知名的就几家,但质量确实不敢恭维。western blot能做出来的确实不多,而且杂带多,背景不干净。我们周边的实验室大多买国产抗体做免疫组化,怎么说呢,应付硕士论文够了。

我也帮别人自制过抗体,再用抗原亲和纯化。效价非常不错,夸张的时候1:10000都能做出条带,唯一的麻烦是兔子太骚(骚臭),不知道这是不是“兔女郎”名号的来由。如果读书非常悠闲,老板又特别想拥有手工作坊的情况下,可以自己伺候折腾兔子来玩玩,刚开始的时候还是蛮有成就感的。只是单凭抗原表达和 制备多抗,是不是可以写成论文毕业,估计因校而异了。

2.Western Blot设备

目前最好的垂直槽和转移槽还是Biorad(伯乐),尤其是MINI3好用,MINI4可以一次跑四块胶,但通常用不上,由此造成垂直缓冲液的浪费,而且 MINI4用绿色塑料夹住玻璃板来组成内槽,容易漏液,塑料夹应该是有疲劳寿命的,估计日子一长,弹性就会改变,所以如果你们实验室刚买了MINI4,赶紧用,遭殃的肯定是某一级的师弟师妹们。

Biorad的一套系统得两万多,西部能玩得起伯乐的还真不多。好在咱中国人聪明,上海天能的外观和构造和伯乐的MINI3几乎一模一样,而且可以通用, 不带电泳仪是5千多一套,挺好用的。唯一的不足是塑料寿命不如伯乐,胶架容易断裂。不过仔细算算,三套天能也就是一套伯乐的价格,值了。北京六一的垂直槽很转移槽很好用,但垂直槽配胶不方便,玻板太厚,散热不好,但能用,六一的电泳仪(电源)还是很好用的。

3. Western Blot实验条件

Western Blot实验条件我基本是按ABCAM公司经典教材做的,按以下的网址下载下来就可以了(http://www.abcam.com/ps/pdf/protocols/WB-beginner.pdf)。 具体的试剂配方我是按宝生物试剂册的附录部分配制。丙烯酰胺和甲叉我是从北京华美买的德国biomol原装货,配出来的胶可以提在手里玩,弹性非常好,价 格比sigma的便宜许多,1公斤好像是480多人民币,够实验室用好长时间,现在我们实验室做双向电泳都用biomol的胶,很好用。Marker我现 在用fermantasSM1811,2微升就很清晰了,兰州的代理是上海生工。

要强调的是垂直电泳缓冲液千万不能回收用,具体愿因你只需上网查查SDS-PAGE的原理就知道了。转移电泳缓冲液可以回收再用两次。

转膜我通常是快转两百200毫安/2小时,慢转80毫安/12小时。快转是一定得做冰水浴,就是把槽子泡在冰水混合液里。

封闭我通常用BD的脱脂奶粉,不归,260元500克,也是从北京华美买的。

ECL我用pierce的,500毫升1650元,比国产的还便宜好用。

胶片是柯达的,以前用过乐凯的,不如柯达。

我很少用丽春红或考马斯染膜或染胶,总觉得是脱裤子放屁的事。

4. Western Blot实验关键

Western Blot操作步骤多,每一步的失误都会造成全盘失败,综合而言,抗体仍然是决定成败的关键,如果抗体很滥,就是神仙也没招。其中内参抗体很重要,因为内参 抗体的选择关系到全盘实验的考评。Actin,Tubulin,GAPDH我都用过,Actin,Tubulin的缺点是有时候会出现复带,比较稳定的还 是GAPDH。如果用心看看cell,nature,science上的文章,大多用GAPDH做内参。进口的,国内分装的,国产的,我都用过。进口的最 强的1:10000都能做出条带(Upstate,现在被Minipore招安了),国内分装的也好用,但就是不好回收重复使用,国产的一般只能用一次。 我要特别强调的是,实验室里最贵的抗体实际上是内参抗体,因为只要Western Blot开工,每次都得用内参抗体,而一般目的蛋白的抗体也就用几次,重复三次就了事。但内参抗体是不折不扣的耗材,严格意义上将,每跑一次胶,就得杂一 次内参,使用频率最高决定了内参是最花钱的抗体。我也自己制备过内参抗体,但好像因为种属同源性太高,背景总是不干净。进口的好,太贵;国产的只能使用一 次,年终算账,不比进口的便宜。我自己的体会是多抗制备并不是技术含量极高的事,为什么国内企业高的早不了,低的造不好呢?现在我用的是杭州贤至的 GAPDH兔多抗,200微升420元钱,我在蛋白上样量12微升/孔的情况下,按1:2000稀释比,条带非常清晰,没有杂带,是我目前用过的最好的国 产抗体,我估计按1:4000照样能做出来,因为按按1:2000稀释做,在暗室里点上ECL后肉眼清楚地看到荧光条带。抗体我在不加叠氮化钠的情况下4 度过夜杂交,可回收重复使用5到6次。最早我是2008年在丁香通上看到了杭州贤至(当时名叫杭州松华)发布的广告,我就怂恿实验室主管买了2支,很好 用,现在实验室都没有用完 ;2009年我的一个朋友做western,我推荐他又买了1支,做出来的效果确实好,2009年底我到了新的实验室,western的全套我在新实验室 重新建立,啥都采购齐了,可就是买不到杭州松华的内参抗体,我上网再也找不到这个公司的网页了,没办法,只好一直噌朋友的内参抗体用。我有个陋习,就是实 验中用顺了用稳定了试剂轻易不愿意更换品牌。还好,今年7月份我终于找到了当年的通讯记录,一联系才知道他们改名叫杭州贤至生物科技有限公司了,呵呵,改 了个名,害我找了大半年。第三次买到的GAPDH内参抗体,还是好用,1:2000,条带清晰,回收重复用,照样work,截止目前,我的新导师对我采购 的一堆试剂还没有不满意的,嘿嘿!草根出生,我也照样有我穷人的劳斯莱斯。

5.关于奶粉,膜的选择和显影定影

奶粉看似简单,其实很重要,如果要凑合,可以到超市买光明的脱脂奶粉。奶粉质量不好,会最终导致显影要么漆黑一片,要么啥都没。fluka的很好,可惜因为疯牛病的原因,现在海关禁止进口美国牛制品。我现在用的bd的,很好很稳定,如果回收使用,500可以用很长时间。细菌达到一定极限后,会导致tbst 里的奶粉变质,表现为发绿发臭,一种肉眼可察觉的淡淡的绿,一种鼻子凑过去能嗅出的臭,这时候就得扔了。

nc膜,pvdf膜我都用过,现在我已经固定下来用密理博的0.45微米的pvdf膜。pvdf膜的好处是蛋白载量大,韧性好。唯一的麻烦是事先得用甲醇 泡几分钟,目的好像是为了增强膜的正电荷。甲醇泡完后,得在转移缓冲液里泡一两分钟。国内用nc膜的人多一些,主要是因为nc膜有分装的小片,忽悠老板买 一张膜就100元钱,老板肯定乐意,若是说膜得花上千元,老板就有可能长时间的思考,然后过些日子再答复你。所以大多数人会采取前一种方式,当然得告诉老 板好几次,膜就100元钱。我第一次用到pvdf膜是和好几个实验室合资买了一卷,我出了475元,类似于打的拼车的方式。现在pvdf膜国内大概是 1600元到1700元一卷,33厘米*375厘米,够好几个人用好长时间了,膜假货不多,至少我没有见过。我们几个拼车的穷弟兄拿着尺子分赃的时候才发 现本地供货商给我们送的货少了80厘米,嘿嘿,穷鬼撵着杀叫鬼,我们花钱容易吗!所以交涉,再交涉,直到他把我们的血汗膜返还才罢休。现在我基本是从北京 的欣津科和华美买,大概1700元一卷,完完整整。

0.45微米的pvdf膜我用5%的脱脂奶粉(溶于tbst中)室温封闭1小时,0.22微米的用8%的脱脂奶粉。bsa我很少用,主要是bsa会出现封 闭不均匀的情况。我也很少用0.22微米的膜,原因是背景不干净,再者无论是封闭时间还是洗膜时间都得延长。标准教程上推荐20kd以下的分子用0.22 微米的膜,我杂过最小的分子是cleaved-caspase3,12ka,按我在一楼的转膜条件,在0.45微米的膜上清清楚楚。我在上海的师弟他们转 7ka的分子也用0.45微米的,没出过事。废话一句,我师弟的实验室可是国家重点,那个富呀,让我闭上眼想想吧,那可是屎壳郎掉到了化粪池的感觉。

一抗我一般4度摇床过夜,洗膜3此,每次5分钟。要注意的是,如果一抗里添加了叠氮化钠,务必洗膜5次,每次10分钟,因为叠氮化钠会灭活二抗偶联的辣根 过氧化物酶(hrp)活性。二抗我用的是中杉金桥分装的,120元一支,通常1:5000,室温1小时,然后洗膜三次,每次5分钟。

奶粉,一抗,二抗,我都回收,从开始到现在,一直如此。因为我不敢忘记自己贼的出身。我的一抗是国外的一位老师送给实验室的,刚开始的半年我啥都做不出 来,以至于导师在平安夜领我到教堂祈祷。上海的师弟知道后,每次裁膜的时候给我一小片一小片日积月累了一些,二抗只拿到了10微升,我怕实验室的人发现, 一直是熬夜做western。可最终还是因为我自己嘴不牢靠,导致东窗事发,师弟险些被开除,事情败露的那天,师弟在长途电话的那边哭,我在这边哭,写着 写着,我的眼泪又一次的盈眶而出,说不出的辛酸与悲凉,师弟说他承担一切责任,让我装作不知道,那天晚上,我给他的导师写了一封长信,只求能保住师弟。老 天保佑,他导师让师弟写检查认错。那以后,我再也没有让师弟为我偷过东西,我不能再为自己的理想让朋友付出代价。虽然现在实验室的老板比较大方,我依然坚 持着回收试剂的习惯,我始终不能忘记自己western blot的开始。

一般8.3*4.3厘米的膜,大概要400微升的ecl混合液。加ecl我一般就在灯光下,或者白天把窗帘拉上。加好ecl,覆上保鲜膜后,我才端着暗盒 进暗室,暗室里我的暗室红灯始终开着,没有那么可怕。在暗室里,我一般是剪4张同样尺寸的胶片,叠在一起,压在膜上方,暗盒一扣,就干别的事情去了。5个 小时或过夜,我再把胶片显影,显影我起初很注意技巧,但现在基本上是在显影液里放10分钟,捞出来放到水盘里涮一涮,然后在定影液里放十分钟。我一般总能 找到一张理想的胶片,因为胶片叠加到一起后,层层屏蔽,从而逐渐递减荧光强度,我试过多次,即便是荧光强度最强的内参,也至多能达到最上面的第四层胶片。 所以显定影后,肯定有曝光过度的胶片,但也肯定有趋势,背景,强度恰到好处的一张,嘿嘿,傻瓜做法。

傻瓜做法看似呆笨,实则不然。我在很长的一段时间里,都是读秒,或三分钟,或15分钟,或半小时,或1小时取出胶片显影,眼睛紧紧盯着,一看到条带就捞出 来定影。如果不理想,再压胶片,再等,再取再投再捞,活脱脱是个“猴埋儿”。西北人传说小猴夭折了,母猴把小猴埋到土里面,一会又挖出来,再埋进去,又挖 出来…反复无止。显定影时如果采取猴埋儿式的技巧,是最费胶片,最费时间,最费心力的做法。所以我是傻瓜就用傻瓜的办法。

我用过好几个品牌的国产ecl,和进口的ecl也做过对照。国产的一半是a液b液总共50毫升180元钱,单价3.6元/毫升,一般肉眼可见的荧光强度可 持续1个小时,pierce和milipore的可以持续3小时。milipore的麻烦之处在于由a液b液c液三组成分组成,费枪头,费脑子。现在我固 定使用pierce的super ecl,1650元500毫升,折算下来是3.3元/毫升。上海吉泰是代理。好像分子克隆上写出了ecl的配方,技术含量并不高,

胶片我用过医院放射科的,乐凯的,柯达的,柯达现在小胶片(小暗盒尺寸)好像是130元/50张,乐凯的是其价格的一半。乐凯的缺点在于胶片容易出现划 痕,有莫名奇妙的背景,虽然瑕不掩瑜,但还是让人不爽,再就是感光不如柯达的灵敏。这些我都比对过。如果细心地把二者胶片厚度比比,也可看出差距。我就此 请教过甘肃的乐凯总代理,他说根源出在牛身上。

显影液定影液我一直用乐凯的,便宜,量又足,谁用谁说好。进口的从未染指,连想都没想过,呵呵,我内心里还是极其渴望支持国货的,爱之深,恨之切啊!

6.总结

从2005年第一次见到抗体到现在,我已经做western blot实验整整五年了。五年里,太多的磨难,太多的惊喜,太多的感触,太多的代价。现在我做博士后,我指导的学生也能一次就上手,虽然他们也会出错,但 我很少责备他们,因为我知道自己的路途也并不顺利,如果过度的责难他们,会让他们失去信心,而且更严重的是会导致他们遮遮掩掩,我从来不怕实验做不出来结 果,就怕查不出失败的原因。

我喜欢western blot技术,甚至偏爱或痴迷。最夸张的时候是一天连跑带转了八张膜,实验最不顺利的那两个月我天天就睡在实验室里,有时候三天三夜不睡觉。我不知道自己 借了多少钱从丁香园的二手资源版淘过别人用剩的抗体,至今我穿的最贵的裤子也就80元钱,但花1000元买抗体我从来没有觉得破费。好在我的家人和朋友们 理解我,支持我,让我能逐步实现自己的愿望。五年里,从器具,试剂,仪器,甚至如何用滤纸,我都形成了自己独有的体系和诀窍,我的一切东东都有品牌,这些 品牌组合起来就是穷人的劳斯莱斯。

回想过去,内心仍然会浸没到悲凉与辛酸中。最难受的时候是做p21抗体,整整半年,从丁香园淘了五个品牌的抗体,都做不出来。最后逼着导师买cst的抗 体,还是不出,那时候正好是2008年雪灾,抗体在公路上走了半个月,我收到抗体是大年初二,兴奋地上样,转膜,还是没有,当时我感觉自己就好像浸没在冰 窖里。宿舍里暖气不好,第二天我起床时,房子里的洗脸水都已结冰,和我的心绪一模一样。好在上海吉泰是一级代理,让我投诉,cst美国总部发回来他们的蛋 白阳性对照品,再试,p21出来了,技术支持是个印度人,一眼就看出来我没有用超声波裂解。我们实验室没有这个东东,我怎么就想不到问题就出在这呢!从投 诉到解决问题又是两个月。因为western,造成我博士延期一年半,害得师弟差点被开除,这也是我主动和导师关系疏远的开始。

但我还是痴迷western,在我心里,western blot技术本身就是穷人的劳斯莱斯。跑一次胶,我一次可以在两张膜上裁切出13种分子,我想不出还有哪项技术能一次实现如此之多的指标。Western 稳定,直观,看着胶片上那粗细浓淡变化的条带,就好像自己置身细胞内部,看着那些分子组合跳舞。我内心里一直非常感激当年馈赠抗体的那位老师,是他让我踏 上了信号转导的道路,也是因为western,我一度和他几乎决裂。在做western之前,我看文献几乎只看review,因为我看不懂实验性论文的图 片,也正是做western,我才开始真正的踏上科研道路。我逐渐能看懂IP,CO-IP,EMSA,CHIP,我有了更多的梦想与愿望。五年中,我最得 意的是陪着western blto的发明人乔治斯塔克(George R. Stark)院士去敦煌玩,老头年过70,动过心脏手术不久,仍然坚持赤脚爬上陡峭的鸣沙山。我们登顶歇气时,老头一声不吭地又从山顶一步步走下去,从半 山腰挖什么东西,等他再上来,我们才看清楚,他手里拿着两个游客随地扔弃的矿泉水瓶子。老头一直把那两个国货拎到了山下的垃圾箱里。这是老头给我最深刻的 记忆,境当谋高远,一个人的精神境界决定了他专业道路的高远。

从western实验我总结出,实验上根本省不下来钱,一个环节的烂货就会导致全盘失败。对于实验设计而言,也是如此,一个步骤的bug会导致整个实验立 题和评估的逻辑混乱。如果要追求性价比,也就是如何发挥穷人的劳斯莱斯的最大收益,那从一开始就要按秋后算账的原则选择试剂,要算总账;如果要让实验顺顺 利利,那就得注意每一个环节,步步为营,细节决定成败。

一辆可以飞的未来自行车

近日,澳大利亚一位机械设计师Chris Malloy设计出了一款可以飞的单车Hoverbike。

据他本人描述,通过模拟直升机的飞行机械原理,Hoverbike可以以173英里每小时的速度在1万英尺的高空飞行。

此外他还表示,希望一年之内可以实行Hoverbike的限量生产,两年内开始规模生产,售价或将为4万美元一辆。

http://www.vvcat.com/viewarticle.aspx?id=64128

RiceDiversity frequently asked questions

  • What are molecular markers?
    Any identifiable feature of the DNA sequence that can be reliably assayed to detect genetic differences between individuals or populations. Commonly used molecular marker assays are designed to detect Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Simple Sequence Repeats (SSRs) or Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs).
  • What are Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)?
    Nucleotide positions along the chromosomes where the DNA sequences differ between individuals.
  • What are Simple Sequence Repeats (SSRs)?
    SSRs are tandem arrays of simple sequence repeats (mono, di, tri, tetra or penta- nucleotide motifs) commonly found in the DNA of eukaryotic organisms. SSRs represent a rapidly evolving (highly mutable) fraction of eukaryotic genomes. They are useful as genetic markers because differences in the length of the array (number of repeated motifs) can be easily assayed via PCR to identify genetic similarities and differences between individuals at specific loci.
  • What is population structure?
    A population is said to be structured if individuals do not mate at random (i.e., they deviate from Hardy Weinburg equilibrium). For example, individuals that are found in geographical proximity may be more likely to mate with one another than with individuals that are geographically distant from each other. Natural or artificial selection also contributes to non-random mating among members of a population.
  • Why is the sub-population structure of rice important for breeding?
    O.sativa is composed of at least five genetically identifiable sub-populations, and there is sub-population structure in O. rufipogon as well. Some sub-populations are more closely related than others and the genetic distance between sub-populations can be used to predict both the frequency of obtaining transgressive segregation among the progeny of a cross, and to predict the likelihood of encountering fertility problems in distant crosses. A majority of the world’s rice is produced from inbred (pure line) varieties and historically, inbred variety development has focused almost exclusively on crosses between members of the same sub-population (indica X indica) or between related sub-populations (i.e., tropical japonica X temperate japonica). This is largely due to the prevalence of sub-population incompatibilities that lead to sterility and make it difficult to obtain a random array of fertile recombinants from indica X japonica crosses.
  • What are the problems associated with hybrid rice breeding?
    In contrast to inbred rice variety development, hybrid rice breeding is more complicated, costly, and technologically intensive. F1 hybrid seed that is sold to farmers is produced every year by crossing two genetically different inbred lines; the parental inbreds are selected for crossing because they give rise to highly productive, heterotic F1 hybrids. Because rice is a naturally inbreeding species, it is difficult to obtain high levels of out-crossing, due in large part to the enclosed floret morphology that helps to enforce the inbreeding habit. To encourage outcrossing, hybrid rice breeders use a male sterile lines  (generally either a two-line or the three-line system), but it remains challenging to achieve reliable and economically viable levels of out-crossing during F1 hybrid seed production.
  • What is meant by “transgressive variation?”
    Transgressive variation refers to the production of offspring with phenotypic traits or characteristics (such as flowering time or number of seeds per plant) that exceed those of the parents. This generally results from cooperation or interaction between the genes present in the two parental types. For example, genes from one of the parent could be activators or master switches at the top of the regulatory network leading to a phenotype.
  • How can transgressive variation be useful for rice breeding?
    Transgressive variation is frequently observed in populations that are derived from genetically divergent parents. Divergent parents differ in allelic constitution at many loci), giving rise to individuals that are both “better” and “worse” for specific traits than either parent. Crossing genetically diverse lines provides the breeder with a larger array of genetic variation in the offspring from which to make selections, enhancing the possibility of identifying offspring that outperform the “better parent” by a substantial amount. However, because most offspring contain some traits that are “better” and others that are “worse” than their parents, breeders have to spend time selecting against the deleterious alleles as well as for the advantageous alleles in each generation. The use of molecular markers can greatly improve the efficiency of the process, and markers are often used in combination with backcrossing to capture positive transgressive variation for rice improvement.
  • What is “marker-assisted backcross introgression” and what does it accomplish?
    Introgression involves the movement of a gene or genes from one species into the gene pool of another. This is often accomplished by generating an interspecific F1 hybrid (such as O.rufipogon/O.sativa) and then backcrossing the F1 to one of its parents for one or more generations (BC1, BC2, etc). Using molecular markers, it is possible to identify specific regions of one parent’s genome that consistently confer enhanced trait performance in the genetic background of the other parent. Thus, this approach to breeding provides a way to introduce specific genes or QTLs from a wild, ancestral line into a cultivated variety without the necessity for whole-genome compatibility.
  • What are near-isogenic lines (NILs)?
    A set  of lines that are genetically identical, except for one or a few loci. Such lines can be created by crossing a donor line (containing a gene or trait of interest) with a recurrent parent to produce a heterozygous F1, and then repeatedly back-crossing the offspring to the recurrent parent (BC1, BC2, etc), retaining the donor gene or trait in each successive generation. Marker assisted selection (MAS) can be used to increase the efficiency of NIL development by screening individuals for the presence of the target locus (gene) in each generation and the absence of extraneous donor DNA throughout the rest of the genome to speed up the return to recurrent parent type.
  • What is linkage disequilibrium (LD)?
    LD refers to non-random statistical associations between unlinked alleles in individuals  randomly sampled from a population. Alleles in LD are co-inherited more often than would be expected by chance alone. Such allelic associations arise because of non-random mating among individuals. When specific, unlinked alleles in the genome are known to be in LD, this indicates that the ancestries of the genes that are physically linked to those alleles (haplotypes) will also tend to be correlated.
  • What is epistasis?
    Epistasis is  the modification of the action of one gene by one or several independently assorting genes. Epistatic genes may be linked, but their effects must reside at different loci in the genome. Phenotypes that result from epistatic interactions among genes differ from what would be expected if the loci were acting independently.
  • What is association mapping?
    Association mapping involves the use of molecular markers to find statistical associations between genes (or markers) and traits. This method works at a population level and relies on LD between an array of linked markers and the functional mutations responsible for trait variation. Patterns of LD in a sample reflect the effects of many historical recombination events over thousands of generations and may therefore permit fine-scale mapping of a trait. Because meiotic recombination shuffles genetic material between chromosomes and causes LD to decay with distance, markers that show high LD with a trait are likely to be physically linked to the functional mutation.
  • How does association mapping differ from linkage mapping?
    Although the goal of both association mapping and linkage mapping is to find associations between phenotypes and genes (or molecular markers), there are some important differences. Linkage mapping, is usually done in the context of closely related individuals having known relationships, such as the offspring of a controlled cross or the members of a family where the pedigree is known. Since the number of recombination events in these cases is relatively small, genes or quantitative traits are mapped to large chromosomal blocks, and the resolution is low (Mb scale). On the other hand, association mapping is done using distantly related individuals with unknown relationships, randomly chosen from a natural population. If the population has a long history of inbreeding, LD will decay slowly and the resolution of the association mapping study will be quite low. However, if the population is genetically diverse and naturally out-crossing, LD will decay rapidly, increasing the resolution of the association mapping study. Patterns of LD are highly variable across a genome and reflect the effects of many historical recombination events over several thousand generations. The extent of LD in the population(s) used for association mapping ultimately determines the resolution of the study.
  • What are the challenges associated with association mapping in rice?
    There are many statistical challenges associated with association mapping in rice. The primary caveat is that population structure can lead to false signals of association between markers and traits. This is because if individuals that share a trait are also more closely related to each other than to those that do not share the trait, then a significant number of unlinked markers will co-segregate with the trait due to common ancestry rather than to physical linkage. Secondly, it is necessary to allow for epistatic and population specific effects (i.e. where the same allele can have different phenotypic effects in different populations because of variation in genetic backgrounds) in current models since these are likely to be important in rice. Also, because partial-selfing in rice can lead to spurious inferences of population structure, it is necessary to modify existing methodologies to jointly infer population structure and population-specific selfing rates. Finally, it is necessary to properly control for genome-wide false positive rates due to multiple hypothesis testing when doing whole genome association mapping, since in a large collection of SNPs, some associations will exist simply by chance.
  • 有个懂你的人,是最大的幸福


    一生就这么一次,谈一场以结婚为目的的恋爱吧。不再因为任性而不肯低头,不再因为固执而轻言分手。最后地坚信一次,一直走,就可以到白头。就那样相守,在来往的流年里,岁月安好。惟愿这一生,执子之手,与子偕老!

    我们,不要去羡慕别人所拥有的幸福。你以为你没有的,可能在来的路上,你以为她拥有的,可能在去的途中……有的人对你好,是因为你对他好。有的人对你好,是因为懂得你的好!

     幸福是什么?幸福就是牵着一双想牵的手,一起走过繁华喧嚣,一起守候寂寞孤独;就是陪着一个想陪的人,高兴时一起笑,伤悲时一起哭;就是拥有一颗想拥有的心,重复无聊的日子不乏味,做着相同的事情不枯燥……只要我们心中有爱,我们就会幸福,幸福就在当初的承诺中,就在今后的梦想里!

     一个人总在仰望和羡慕着别人的幸福,却发现自己正被别人仰望和羡慕着。幸福这座山,原本就没有顶、没有头。不要站在旁边羡慕他人幸福,其实幸福一直都在你身边。只要你还有生命,还有能创造奇迹的双手,你就没有理由当过客、做旁观者,更没有理由抱怨生活。你寻找到幸福了吗?

    如果彼此出现早一点,也许就不会和另一个人十指紧扣。又或者相遇的再晚一点,晚到两个人在各自的爱情经历中慢慢地学会了包容与体谅、善待和妥协,也许走到一起的时候,就不会那么轻易地放弃,任性地转身,放走了爱情。没有早一步也没有晚一步,那是太难得的缘份

     男人天生多情,只是他会对某一个人长情。女人天生专情,但她会对某一个人绝情。男人和一个喜欢的人在一起的时候,心里还有一个或多个她。因为他多情。女人和一个喜欢的人在一起她所想的就是他。即使有更好的男人出现她也不会放弃。因为她的专情。而当她决定放弃一切都没有余地了。因为她绝情!

    爱情是一点动心,爱情是一种默契,爱情是一种巧遇,爱情是一个约定,爱情是一句誓言,爱情是一个憧憬,爱情是一种执著,爱情是一种忠诚,爱情是一种守望,爱情是一屡思念,爱情是一丝惆怅,爱情是一声叹息,爱情是一种哀怨,爱情是一种痴迷,爱情是一种怀念


    人生,没有永远的爱情,没有结局的感情,总要结束;不能拥有的人,总会忘记。人生,没有永远的伤痛,再深的痛,伤口总会痊愈。人生,没有过不去的坎,你不可以坐在坎边等它消失,你只能想办法穿过它。人生,没有轻易的放弃,只要坚持,就可以完成优雅的转身,创造永远的辉煌!

     人生有三样东西是无法挽留的: 生命、时间和爱。你想挽留,却渐行渐远。 人生最痛苦的,并不是没有得到所爱的人,而是所爱的人一生没有得到幸福。离开的你,我等不回来;失去的爱,我找不回来; 纵然一切已成过眼云烟,我依然守候在这里,直到看见你得到幸福,我再转身,微笑着,静静地走开。

    明明人在线,明明想说话,还要学隐身;明明很难过,明明很想哭,还要裂嘴笑;明明很孤单,明明很害怕,还要一个人;明明想见面,明明很期待,还要去拒绝;明明心很乱,明明想人陪,还要装沉默;明明舍不得,明明放不下,还要去放手;明明在心里,明明很在乎,还要无所谓!

    生活就是理解,生活就是面对现实微笑。生活就是越过心灵的障碍,平静心性,淡泊名利。生活就是越过障碍注视将来。生活就是自己身上有一架天平,在那上面衡量善与恶。生活就是知道自己的价值,自己所能做到的与自己所应该做到的。生活就是通过辛勤的双手,创造给力的幸福!

     一个人一眼能够望到底,不是因为TA太简单,不够深刻,而是因为TA太简单,太纯净。这样的简单和纯净,让人敬仰;有的人云山雾罩,看起来很复杂,很有深度,其实,这种深度,并不是灵魂的深度,而是城府太深。这种复杂,是险恶人性的交错,而不是曼妙智慧的叠加。简单,最美!

    假如有一天你想哭,打电话给我,不能保证逗你笑,但我能陪着你一起哭;假如有一天你想逃跑,打电话给我,不能说服你留下,但我会陪着你一起跑;假如有一天你不想听任何人说话,call me,我保证在你身边,并且保持沉默;假如有一天我没有接电话,请快来见我, 因为我可能需要你!


    你改变不了环境,但你可以改变自己;你改变不了事实,但你可以改变态度;你改变不了过去,但你可以改变现在;你不能控制他人,但你可以掌握自己;你不能预知明天,但你可以把握今天;你不可以样样顺利,但你可以事事尽心;你不能延生命的长度,但你可以决定生命的宽度。

    男孩结婚后对自己妻子比结婚前更好。一次聚会,朋友笑他:怎么结婚了还那么腻。他笑着说道:结婚前,很多男生都想追她,有很多男生会对她好,我只有对她更好才能追到她;结婚后,对她好的男生越来越少,我只有对她更好,才能不让她失落。说完,所有朋友都沉默了,没有嘲笑,只有敬佩!

    我不是碰不到更好的,而是因为已经有了你,我不想再碰到更好的;我不是不会对别人动心,而是因为已经有了你,我就觉得没必要再对其他人动心;我不是不会爱上别的人,而是我更加懂得珍惜你,能在一起不容易,已经选定的人就不要随便放手,世界上的好人数不清,但遇到你就已经足够。

    不要认为后面还有更好的,因为现在拥有的就是最好的。不要认为还年轻可以晚些结婚,爱情是不等年龄的。其实对于爱情,越单纯越幸福。经历的太多了,会麻木;分离多了,会习惯;换恋人多了,会比较;到最后,你不会再相信爱情;你会自暴自弃,就这样过一辈子。让你跟我将错就错吧。

      缘分是件很奇妙的事情,很多时候,我们已经遇到,却不知道,然后转了一大圈,又回到了这裡。一切的一切都是机缘,亦或是定数。所以,我们生命中所遇到的每个人,都应该要珍惜,因为你不知道这种短暂的相遇会因为什麽戛然而止,然后彼此阴差阳错,再见面,却发现再也回不到过去,这将是多麽可怕的事情。

    德致死大肠杆菌仍来源不明 科学家疑沼气设备

    肠出血性大肠杆菌EHEC至今已在全德范围内造成20人死亡,近2000人感染。由于其传染源一直未明,民众恐慌心理不断加重。在医学专家全力以赴寻找可能病源的过程中,生产瓦斯的沼气设备被列为怀疑目标。

    在提倡使用生态能源的大环境下,全德共建有6800座沼气生产厂。奥古斯堡的医学实验室研究人员认为,沼气发酵容器中会产生新型细菌。该实验室主持人绍特多尔夫5日对《星期日世界报》说,细菌在容器中杂交并且相互融合,经过发酵后带有新型病菌的东西最后被当作肥料用于农田。这个过程产生的后果目前还没有人研究过。

    绍特多尔夫建议,为避免EHEC病菌的传染范围继续扩大,应尽快对德国所有沼气设备进行检验。这个论点目前已经得到多位科学家肯定。

    沼气生产集团已出面否认上述专家意见,认为德国所有的生产设备严格执行欧盟卫生标准,粪便发酵时的温度达70度,并且加热1小时,这个过程会杀死所有致病病毒。

    另一个怀疑对象是被污染的饮水源。基森兽医学家巴尔耶认为,由于春季长期干旱,在对农田人工浇水的过程中,被粪便污染的水流入饮水源,蔬菜有可能通过这个途径遭受污染。苏格兰在2000年即发生过类似事件,后来被证明由水源污染引起。

    至于有人怀疑恐怖分子实施生物打击,德国联邦政府有关机构宣布这种说法完全没有根据。

    肠出血性大肠杆菌于5月初于德国爆发,继而在欧洲多国出现。目前德国有573名患者感染到严重的并发症血溶性尿毒症,其中70%的患者为女性。

    PLoS ONE:六种木本竹子叶绿体基因组全序列测定完成

    来自中国科学院昆明植物研究所等处的研究人员利用新一代测序技术Illumina完成了六种木本竹子叶绿体基因组全序列的测定,为分析木本竹子的机制机理以及系统发育学研究提供了参考。这项研究获得了中国科学院知识创新工程(KSCX-YW-N-029)、国家自然科学基金项目(30990244)和云南省创新团队的资助,研究成果公布在《公共科学图书馆—综合》(PLoS ONE)杂志上。

    2011060710345782

    这项研究由李德铢研究员领导张韵洁和马朋飞等人完成,李德铢研究员现任中国科学院昆明植物研究所所长,研究员,博士生导师。曾于1997年获国家杰出青年科学基金资助,同年入选中国科学院“百人计划”,2004年入选首批“新世纪百千万人才工程”国家级人选。

    竹亚科(Bambusoideae)隶属于禾本科(Poaceae),全世界共分布有一千余种。木本竹子因种类数目多,形态性状复杂多变及多年生一次性开花等原因而成为系统发育学研究难点。随着新一代测序技术的兴起,系统发育基因组学为解决这类困难类群的系统发育关系带来了曙光。

    中国科学院昆明植物研究所李德铢研究组对木本竹子的研究有较好的研究基础。最近,该研究组选取1种热带竹子和5种温带竹子,利用新一代测序技术 Illumina测定了这些种的叶绿体基因组全序列。通过与已知的2种竹子叶绿体基因组序列比对发现竹亚科植物的叶绿体基因组非常保守,具有良好的共线性和较低的分子进化速率,并证实了通过改良高盐低pH法直接分离叶绿体DNA并测序这一方法的可行性。

    基于24种禾本科植物叶绿体基因全序列,该研究组还构建了禾本科的系统发育树。在BEP分支中,竹亚科和早熟禾亚科(Pooideae)的姐妹群关系得到了强烈的支持,首次从系统发育基因组学的角度证实了近期的分子系统学研究结果,在竹亚科分支中热带分支和温带分支也分别为两个很好的单系。此外,与以前的研究结果相比,温带分支内部的系统学关系也得到了较好的解决。

    为探讨序列数据量的大小对系统关系的影响,研究组分别利用了四组数据分别构建系统树,分析表明,基于叶绿体基因组全序列的系统发育分析结果较为理想。对基因中插入或缺失的研究,发现45个插入或缺失中有25个可能为共近裔性状,20个可能为平行演化或回复突变的结果,且不同性质的插入或缺失在各个基因中的分布并不均匀,对其在系统发育学研究中的应用提供了参考。目前,采用叶绿体系统发育基因组学手段对温带竹子进行系统发育重建是比较行之有效的方法,这对于其它困难类群的系统学研究也有一定的启示意义。

    原文出处:

    PLoS ONE   DOI:10.1371/journal.pone.0020596

    High-Throughput Sequencing of Six Bamboo Chloroplast Genomes: Phylogenetic Implications for Temperate Woody Bamboos (Poaceae: Bambusoideae)

    Yun-Jie Zhang,Peng-Fei Ma,De-Zhu Li

    Background Bambusoideae is the only subfamily that contains woody members in the grass family, Poaceae. In phylogenetic analyses, Bambusoideae, Pooideae and Ehrhartoideae formed the BEP clade, yet the internal relationships of this clade are controversial. The distinctive life history (infrequent flowering and predominance of asexual reproduction) of woody bamboos makes them an interesting but taxonomically difficult group. Phylogenetic analyses based on large DNA fragments could only provide a moderate resolution of woody bamboo relationships, although a robust phylogenetic tree is needed to elucidate their evolutionary history. Phylogenomics is an alternative choice for resolving difficult phylogenies. Methodology/Principal Findings Here we present the complete nucleotide sequences of six woody bamboo chloroplast (cp) genomes using Illumina sequencing. These genomes are similar to those of other grasses and rather conservative in evolution. We constructed a phylogeny of Poaceae from 24 complete cp genomes including 21 grass species. Within the BEP clade, we found strong support for a sister relationship between Bambusoideae and Pooideae. In a substantial improvement over prior studies, all six nodes within Bambusoideae were supported with 鈮?.95 posterior probability from Bayesian inference and 5/6 nodes resolved with 100% bootstrap support in maximum parsimony and maximum likelihood analyses. We found that repeats in the cp genome could provide phylogenetic information, while caution is needed when using indels in phylogenetic analyses based on few selected genes. We also identified relatively rapidly evolving cp genome regions that have the potential to be used for further phylogenetic study in Bambusoideae. Conclusions/Significance The cp genome of Bambusoideae evolved slowly, and phylogenomics based on whole cp genome could be used to resolve major relationships within the subfamily. The difficulty in resolving the diversification among three clades of temperate woody bamboos, even with complete cp genome sequences, suggests that these lineages may have diverged very rapidly.

     

    http://www.bioon.com/biology/postgenomics/486523.shtml